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这个包是2.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RTools4TB。

数据挖掘通过连接公共微阵列数据TranscriptomeBrowser数据库。

Bioconductor版本:2.8

TranscriptomeBrowser (TBrowser)举办大量的转录签名(TS)自动提取基因表达数据库综合(GEO)。每个地理实验(GSE)处理,这样原始的一个子集包含最相关的/有益的基因表达矩阵和组织成一组同类签名。每个签名进行功能富集检测使用注释方面获得许多本体或策划数据库(基因本体,KEGG、BioCarta Swiss-Prot, BBID,聪明,NIH遗传协会DB,齿轮/ KOG…)使用大卫知识库。RTools4TB包可以用来执行complexe查询到数据库。因此,RTools4TB是很有帮助的(i)定义生物环境(我。e、实验)的一组基因中的和(2)来定义他们最频繁的邻居。此外,RTools4TB附带了一个新的使单机,“基于密度的过滤和马尔可夫聚类”(DBF-MCL),其目标是分区大而嘈杂的数据集。DBF-MCL是tree-step适应算法(i)位于致密区域(即找到元素。集群)(ii)使用选定的项目建立一个图表和(iii)执行图分区使用恢复期。该算法实现RTools4TB包中虽然需要一个类unix系统。

作者:Aurelie Bergon法布里斯洛佩兹,朱利安Textoris,塞缪尔Granjeaud和丹尼斯Puthier

维护人员:Aurelie Bergon < Bergon在tagc.univ-mrs.fr >

安装

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文档

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PDF		RTools4TB.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	注释,分类,聚类,DataImport,GeneExpression,微阵列,OneChannel,软件,TwoChannel
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 2.5 (r - 2.10)(6.5年)
许可证	LGPL
取决于	R (> = 2.5.1),Biobase,limma、方法
进口
链接
建议	RColorBrewer,biocGraph,所有
SystemRequirements
增强了
URL	http://tagc.univ-mrs.fr/tbrowser/
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	RTools4TB_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	RTools4TB_1.8.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Mac OS X 10.9(小牛)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/rtools4tb/tree/release - 2.8
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/RTools4TB/
包下载报告	下载数据