##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("girafe")

此包适用于Bioconductor的2.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见girafe．

功能探索的基因组间隔和Read对齐

Bioconductor版本:2.8

“girafe”包处理从下一代测序数据中对齐读取的基因组级表示。它包含一个对象类，用于启用基因组间隔的详细描述和对齐读取，以及比较、可视化、导出和使用这些间隔和对齐读取的函数。因此，该包与软件包ShortRead、IRanges和genomeinterval之间交互并提供链接。

作者:Joern Toedling，由Constance Ciaudo, Olivier Voinnet, Edith Heard, Emmanuel Barillot和Wolfgang Huber贡献

维护者:J. Toedling

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("girafe")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“girafe”)

PDF		girafe.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	HighThroughputSequencing，测序，软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 2.6 (R-2.11)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10.0)，方法，IRanges(> = 1.3.53),Rsamtools，ShortRead(> = 1.3.21),时间间隔(> = 0.13.1),genomeIntervals(> = 1.7.3)、网格
进口	方法,Biobase，Biostrings，BSgenome，图形，grDevices, stats, utils，IRanges
链接
建议	质量，org.Mm.eg.db，RColorBrewer
SystemRequirements
增强了	genomeIntervals
URL
取决于我	oneChannelGUI
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	girafe_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	girafe_1.4.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹)
Mac OS X 10.9(小牛队)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/girafe/tree/release-2.8
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/girafe/
包下载报告	下载数据