##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("ChIPpeakAnno")

此包适用于Bioconductor的2.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ChIPpeakAnno．

从ChIP-seq, ChIP-chip实验或任何实验中识别的峰的批量注释导致了大量的染色体范围。

Bioconductor版本:2.9

该软件包包括检索峰值周围序列的功能，获得丰富的基因本体(GO)术语，找到最近的基因，外显子，miRNA或自定义特征，如用户提供的大多数保守元素和其他转录因子结合位点。从2.0.5开始，添加了新的功能，用于使用汇总统计信息(peaksNearBDP)查找具有双向启动子的峰值，用于汇总峰值中motif的出现(summarizePatternInPeaks)，以及添加其他id到注释的峰值或丰富的go (addGeneIDs)。这个包利用了bioart, IRanges, Biostrings, BSgenome, GO.db, multtest和stat包

作者:朱丽华，Herve Pages, Claude Gazin, Nathan Lawson, Jianhong Ou, Simon Lin, David Lapointe和Michael Green

维护者:朱莉朱丽华<朱莉。朱:umassmed.edu >

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("ChIPpeakAnno")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“ChIPpeakAnno”)

PDF		ChIPpeakAnno.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	注释，ChIPchip，ChIPseq，软件
版本	2.2.0
Bioconductor自	BioC 2.5 (R-2.10)(6.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	biomaRt，乘，IRanges，Biostrings，BSgenome，BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805，GO.db，org.Hs.eg.db，limma，gplots
进口	gplots，biomaRt，乘，IRanges，Biostrings，BSgenome，GO.db，limma，AnnotationDbi
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	ggtut，REDseq
进口我	REDseq
建议我	ggtut，oneChannelGUI
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	ChIPpeakAnno_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPpeakAnno_2.2.0.zip
Mac OS X 10.6(雪豹)
Mac OS X 10.9(小牛队)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/ChIPpeakAnno/tree/release-2.9
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ChIPpeakAnno/
包下载报告	下载数据