要安装这个包,开始R,然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("IRanges")

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

IRanges

此包适用于Bioconductor的2.9版本;有关稳定的最新发布版本,请参见IRanges

用于操作序列上的间隔的基础结构

Bioconductor版本:2.9

这个包提供了高效的底层和高度可重用的S4类,用于存储整数的范围、RLE向量(运行长度编码),以及更一般的可以按顺序组织的数据(正式定义为Vector对象),以及关于这些Vector对象的视图。还提供了高效的类列表类,用于存储基本类的大型实例集合。包中的所有类都使用一致的命名,并尽可能共享相同的丰富且一致的“Vector API”。

作者:H. Pages, P. abyoun和M. Lawrence

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

引用(从R中,输入引用(“IRanges”)):

安装

要安装这个包,开始R,然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("IRanges")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“IRanges”)

PDF IRangesOverview.pdf
PDF RleTricks.pdf
PDF 参考手册

细节

biocViews DataRepresentation基础设施软件
版本 1.12.6
Bioconductor自 BioC 2.3 (R-2.8)(7.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 2.8.0),方法,utils, stats
进口 方法,跑龙套,统计数据
链接
建议 RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我 BayesPeakBiostringsBSgenomeChIPpeakAnnochipseqcn.mops解读exomeCopyGenomicFeaturesGenomicRangesGenominatorgenosetGGtoolsgirafeharbChIPhtSeqToolsLiebermanAidenHiC2009诊断oneChannelGUI图片r3CseqrGADEMrMATRsamtoolssegmentSeqShortReadSNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815TEQCVanillaICExmapcore
进口我 AnnotationDbiArrayExpressHTSBayesPeakbiocGraphBiostringsbiovizBase魅力ChIPpeakAnnochipseqChIPseqRChIPsimChromHeatMap解读DiffBindEDASeqfastsegflowQgcrmaGenomicFeaturesGenomicRangesgenosetggbioGGtoolsgirafeMEDIPSmethVisual马赛克MotIVMSnbase诊断oligoClassesOTUbasepd.081229.hg18.promoter.medip.hx1pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoterpd.2006.07.18.mm8.refseq.promoterpd.2006.10.31.rn34.refseq.promoterpd.agpd.ath1.121501pd.barley1pd.bovinepd.bsubtilispd.caninepd.canine.2pd.celeganspd.charm.hg18.examplepd.chickenpd.citruspd.cottonpd.cytogenetics.arraypd.drosgenome1pd.drosophila.2pd.e.coli.2pd.ecolipd.ecoli.asv2pd.feinberg.hg18.me.hx1pd.feinberg.mm8.me.hx1pd.genomewidesnp.5pd.genomewidesnp.6pd.hc.g110pd.hg.focuspd.hg.u133.plus.2pd.hg.u133apd.hg.u133a.2pd.hg.u133a.tagpd.hg.u133bpd.hg.u219pd.hg.u95apd.hg.u95av2pd.hg.u95bpd.hg.u95cpd.hg.u95dpd.hg.u95epd.ht.hg.u133.plus.pmpd.ht.hg.u133apd.ht.mg.430apd.hu6800pd.huex.1.0.st.v2pd.hugene.1.0.st.v1pd.hugene.1.1.st.v1pd.maizepd.mapping250k.nsppd.mapping250k.stypd.mapping50k.hind240pd.mapping50k.xba240pd.medicagopd.mg.u74apd.mg.u74av2pd.mg.u74bpd.mg.u74bv2pd.mg.u74cpd.mg.u74cv2pd.mirna.1.0pd.moe430apd.moe430bpd.moex.1.0.st.v1pd.mogene.1.0.st.v1pd.mogene.1.1.st.v1pd.mouse430.2pd.mouse430a.2pd.mu11ksubapd.mu11ksubbpd.pae.g1apd.plasmodium.anophelespd.poplarpd.porcinepd.rae230apd.rae230bpd.raex.1.0.st.v1pd.ragene.1.0.st.v1pd.ragene.1.1.st.v1pd.rat230.2pd.rg.u34apd.rg.u34bpd.rg.u34cpd.rhesuspd.ricepd.rn.u34pd.s.aureuspd.soybeanpd.sugar.canepd.tomatopd.u133.x3ppd.vitis.viniferapd.wheatpd.x.laevis.2pd.x.tropicalispd.xenopus.laevispd.yeast.2pd.yg.s98pd.zebrafishpdInfoBuilder图片R453Plus1ToolboxREDseqRepitoolsrGADEMrMATrnaSeqMapRolexaRsamtoolsrtracklayersegmentSeqShortReadSNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815TSSiVanillaICEVariantAnnotation
建议我 HilbertVisHilbertVisGUIRepitoolsyeastRNASeq
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源 IRanges_1.12.6.tar.gz
Windows二进制 IRanges_1.12.6.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹)
Mac OS X 10.9(小牛队)
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/IRanges/tree/release-2.9
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/IRanges/
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弗雷德·哈钦森癌症研究中心