##尝试http://if https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("RTools4TB")

此包适用于Bioconductor的2.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见RTools4TB．

通过连接到转录tomebrowser数据库对公共微阵列数据进行数据挖掘。

Bioconductor版本:2.9

转录tomebrowser (TBrowser)托管了从基因表达综合(GEO)数据库中自动提取的大量转录签名(TS)。对每个GEO实验(GSE)进行处理，以便保留包含最相关/信息量最大的基因的原始表达矩阵子集，并将其组织成一组同质签名。使用使用DAVID知识库从众多本体论或策划数据库(基因本体论，KEGG, BioCarta, Swiss-Prot, BBID, SMART, NIH遗传协会DB, COG/KOG…)中获得的注释术语对每个签名进行功能丰富的测试。RTools4TB包可用于执行对数据库的复杂查询。因此，RTools4TB可以帮助(i)定义一组基因共同表达的生物学环境(即实验)，(ii)定义它们最频繁的邻居。此外，RTools4TB还附带了一种新的算法，“基于密度的过滤和马尔可夫聚类”(DBF-MCL)，其目标是对大型且有噪声的数据集进行分区。DBF-MCL是一种树步自适应算法，它(i)找到位于密集区域(即。集群)(ii)使用选定的项构造图(iii)使用MCL进行图划分。该算法在RTools4TB包中实现，尽管它需要一个类unix系统。

作者:Aurelie Bergon, Fabrice Lopez, Julien Textoris, Samuel Granjeaud和Denis Puthier

维护人:Aurelie Bergon < Bergon at tagc.univ-mrs.fr>

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://if https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("RTools4TB")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“RTools4TB”)

PDF		RTools4TB.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	注释，分类，聚类，DataImport，GeneExpression，微阵列，OneChannel，软件，TwoChannel
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 2.5 (R-2.10)(6.5年)
许可证	LGPL
取决于	R (> = 2.5.1),Biobase，limma、方法
进口
链接
建议	RColorBrewer，biocGraph，所有
SystemRequirements
增强了
URL	http://tagc.univ-mrs.fr/tbrowser/
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	RTools4TB_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	RTools4TB_1.10.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹)
Mac OS X 10.9(小牛队)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/RTools4TB/tree/release-2.9
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/RTools4TB/
包下载报告	下载数据