要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“Rsamtools”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

Rsamtools

这个包适用于Bioconductor 2.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见Rsamtools

二进制对齐(BAM)、变量调用(BCF)或tabix文件导入

Bioconductor版本:2.9

这个包提供了一个接口到'samtools', 'bcftools'和'tabix'实用程序(见' license '),用于操作SAM(序列对齐/映射),二进制变量调用(BCF)和压缩索引制表符分隔(tabix)文件。

作者:Martin Morgan, Herv\'e Pag\ ' es

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

引文(从R内,输入引用(“Rsamtools”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“Rsamtools”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“Rsamtools”)

PDF Rsamtools-Overview.pdf
PDF Rsamtools-UsingCLibraries.pdf
PDF 参考手册

细节

biocViews DataImportHighThroughputSequencing测序软件
版本 1.6.3
在Bioconductor BioC 2.6 (R-2.11)(6年)
许可证 art -2.0 +文件许可
取决于 方法,IRanges(> = 1.11.34),GenomicRanges(> = 1.5.49),Biostrings(> = 2.21.12)
进口 方法,跑龙套,IRangesGenomicRangesBiostringszlibbiocrtracklayerbitops
链接 BiostringsIRanges
建议 ShortRead(> = 1.11.30),GenomicFeaturesRUnitKEGG.db
SystemRequirements
增强了
URL //www.andersvercelli.com/packages/release/bioc/html/Rsamtools.html
全靠我 ArrayExpressHTSEDASeqexomeCopyggtutgirafeind1KGleeBamViewsoneChannelGUIqrqcReQONrnaSeqMapShortReadTEQCVariantAnnotation
进口我 ArrayExpressHTScn.mopsggbioGGtoolsR453Plus1ToolboxShortRead
建议我 biovizBaseGenomicRangesR453Plus1Toolboxrtracklayer彩带
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 Rsamtools_1.6.3.tar.gz
Windows二进制 Rsamtools_1.6.3.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Mac OS X 10.9 (Mavericks)
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/Rsamtools/tree/release-2.9
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/Rsamtools/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

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弗雷德哈钦森癌症研究中心