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ShortRead
  |
这个包是2.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ShortRead。
高通量测序短内容数据的类和方法。
Bioconductor版本:2.9
基类、函数和高通量的方法表示,短内容测序数据。
作者:马丁·摩根,迈克尔·劳伦斯,西蒙安德斯
维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >
从内部引用(R,回车引用(“ShortRead”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”) biocLite (“ShortRead”)
文档
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browseVignettes (“ShortRead”)
| Overview.pdf | ||
| ShortRead_and_HilbertVis.pdf | ||
| 参考手册 |
细节
| biocViews | DataImport,HighThroughputSequencing,质量控制,测序,软件 |
| 版本 | 1.12.4 |
| Bioconductor自 | BioC 2.3 (r - 2.8)(7.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | 方法,IRanges(> = 1.11.2),GenomicRanges,Biostrings(> = 2.19.0),晶格,Rsamtools(> = 1.5.75),latticeExtra |
| 进口 | IRanges,GenomicRanges,Biostrings,Biobase,hwriter,Rsamtools,zlibbioc,晶格 |
| 链接 | IRanges,Biostrings |
| 建议 | biomaRt,RUnit,GenomicFeatures,yeastNagalakshmi |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | Rmpi、并行 |
| URL | |
| 取决于我 | chipseq,ChIPseqR,EatonEtAlChIPseq,EDASeq,girafe,诊断,OTUbase,r3Cseq,Rolexa,segmentSeq |
| 进口我 | ArrayExpressHTS,chipseq,ChIPseqR,ChIPsim,诊断,OTUbase,R453Plus1Toolbox,Rolexa |
| 建议我 | CSAR,Genominator,图片,R453Plus1Toolbox,Repitools,Rsamtools,yeastRNASeq |
| 构建报告 |
包档案
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
| 包的来源 | ShortRead_1.12.4.tar.gz |
| Windows二进制 | ShortRead_1.12.4.zip(32位和64位) |
| Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | |
| Mac OS X 10.9(小牛) | |
| Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
| Git源代码 | https://github.com/bioconductor - mirror/shortread/tree/release - 2.9 |
| 包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/ShortRead/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
