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该软件包适用于生物导体的3.0版；对于稳定的最新版本，请参阅基因组签名。

短基因组比对的表示和操纵

生物导体版本：3.0

提供有效的容器来存储和操纵短基因组比对（通常通过将简短读数与参考基因组对齐获得）。这包括读取计数，计算覆盖范围，连接检测以及对齐的核苷酸含量。

作者：herv \'e pag \`

维护者：bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

安装

要安装此软件包，请启动R并输入：

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文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“基因组”）

PDF	R脚本	计数读取用摘要胶带读取
PDF	R脚本	重叠编码
PDF	R脚本	使用对齐的核苷酸
PDF		参考手册
文本		消息
视频		从BAM文件阅读 - 第1部分
视频		从BAM文件读取 - 第2部分

细节

生物浏览	结盟，，，，覆盖范围，，，，DataImport，，，，遗传学，，，，基础设施，，，，rnaseq，，，，SNP，，，，测序，，，，软件
版本	1.2.2
在生物导体中	Bioc 2.14（R-3.1）（2年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 2.10），方法，生物基因（> = 0.11.3），S4VECTORS（> = 0.2.2），iranges（> = 1.99.27），GenomeInfodB（> = 1.1.20），基因组机（> = 1.17.42），生物弦（> = 2.33.14），rsamtools（> = 1.18.3）
进口	方法，统计，生物基因，，，，S4VECTORS，，，，iranges，，，，基因组机，，，，生物弦，，，，rsamtools，，，，生物比较
链接	S4VECTORS，，，，iranges
建议	rtracklayer，，，，BSGENOME，，，，GenomicFeatures，，，，rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14，，，，pasillabamsubset，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，deseq，，，，EDGER，，，，运行，，，，生物使用
系统要求
增强
URL
取决于我	等位基因平衡，，，，嵌合体，，，，差异，，，，grohmm，，，，Hireadsprocessor，，，，metagene，，，，Prebs，，，，Ripseeker，，，，RNASEQMAP，，，，Shortread，，，，剪接图
进口我	Biovizbase，，，，chipqc，，，，CNER，，，，CoverageView，，，，CSAW，，，，CustomProdb，，，，德芬德，，，，EasyRnaseq，，，，Fourcseq，，，，Genomicfiles，，，，GGBIO，，，，GMAPR，，，，GVIZ，，，，htseqgenie，，，，Leebamviews，，，，甲基管，，，，图片，，，，准，，，，repitools，，，，怒吼，，，，rtracklayer，，，，sgseq，，，，剪接图，，，，TrackViewer
建议我	生物比较，，，，量规，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，甲状旁腺，，，，rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14，，，，rnaseqtutorial，，，，rsamtools，，，，流媒体
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

包源	Genomicalignments_1.2.2.2.tar.gz
Windows二进制	Genomicalignments_1.2.2.2.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.6（雪豹）	Genomicalignments_1.2.2.2.tgz
Mac OS X 10.9（Mavericks）	Genomicalignments_1.2.2.2.tgz
颠覆源	（用户名/密码：ReadOnly）
git源	https://github.com/bioconductor-mirror/genomicalignments/tree/release-3.0
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/genomicalignments/
软件包下载报告	下载统计