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此包适用于Bioconductor的3.0版本;有关稳定的最新发布版本，请参见GenomicRanges．

基因组间隔的表示和操作

Bioconductor版本:3.0

在分析高通量测序数据(又称NGS数据)时，高效表示和操作基因组注释和对齐的能力发挥着核心作用。该包定义了用于存储基因组区间的通用容器。用于表示和操作针对参考基因组的短对齐的专门容器在基因组对齐包中定义。

作者:P. abyoun, H. Pages和M. Lawrence

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

安装

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##尝试http://if https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite(" genome icranges ")

文档

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browseVignettes(“GenomicRanges”)

PDF	R脚本	基因组系列介绍
PDF	R脚本	延长GenomicRanges
PDF	R脚本	GenomicRanges howto
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，报道，遗传学，GenomeAnnotation，基础设施，测序，软件
版本	1.18.4
Bioconductor自	BioC 2.6 (R-2.11)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10)，方法，BiocGenerics(> = 0.11.3),S4Vectors(> = 0.2.3),IRanges(> = 1.99.28),GenomeInfoDb(> = 1.1.20)
进口	跑龙套,统计数据,XVector
链接	S4Vectors，IRanges
建议	AnnotationDbi(> = 1.21.1),AnnotationHub，BSgenome，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2，Biostrings(> = 2.25.3),Rsamtools(> = 1.13.53),GenomicAlignments，rtracklayer，KEGG.db，KEGGgraph，GenomicFeatures，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22，org.Sc.sgd.db，VariantAnnotation，刨边机，DESeq，DEXSeq，pasilla，pasillaBamSubset，RUnit，消化，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	气道，AllelicImbalance，annmap，Basic4Cseq，baySeq，biomvRCNS，BiSeq，BSgenome，bsseq，bumphunter，咖啡馆，卡斯珀，cheung2010，嵌合体，ChIPQC，chipseq，cleanUpdTSeq，cn.mops，compEpiTools，COPDSexualDimorphism，CSAR，csaw，DASiR，deepSNV，DESeq2，DEXSeq，DiffBind，DMRforPairs，DREAM4，dsQTL，EatonEtAlChIPseq，ensemblVEP，epigenomix，epivizr，exomeCopy，fastseg，裂变，FourCSeq，geneRxCluster，基因组，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomicFiles，GenomicTuples，genoset，GenoView，ggtut，gmapR，哥特，groHMM，Gviz，hiAnnotator，HiTC，htSeqTools，IdeoViz，intansv，工商管理硕士，metagene，methyAnalysis，methylPipe，minfi，MMDiff，OmicCircos，parathyroidSE，平，QuasR，r3Cseq，R453Plus1Toolbox，Rariant，Rcade，rfPred，riboSeqR，RIPSeeker，Rsamtools，RSVSim，rtracklayer，segmentSeq，seqbias，SGSeq，SigFuge，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20111119，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SomatiCA，SomaticSignatures，SplicingGraphs，trackViewer，TransView，VanillaICE，VariantAnnotation，VariantTools，vtpnet，wavClusteR
进口我	ALDEx2，AnnotationHub，ArrayExpressHTS，舞会礼服，beadarray，击败，biovizBase，BiSeq，BSgenome，篮球选手，CexoR，chipenrich，chipenrich.data，ChIPseeker，chipseq，ChIPseqR，cn，copynumber，COSMIC.67，CoverageView，customProDB，derfinder，derfinderPlot，dna，DOQTL，easyRNASeq，啪嗒啪嗒地响，FourCSeq，FunciSNP，GenomicAlignments，GenomicInteractions，GGBase，ggbio，GGtools，gwascat，h5vc，HTSeqGenie，HTSFilter，leeBamViews，光民，M3D，MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123，MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138，MEDIPS，methyAnalysis，MethylSeekR，methylumi，MinimumDistance，MMDiff，NarrowPeaks，诊断，oligoClasses，pepDat，pepStat，phastCons100way.UCSC.hg19，phastCons100way.UCSC.hg19，图片，prebs，proBAMr，Pviz，qpgraph，QuasR，regionReport，Repitools，rnaSeqMap，咆哮，SeqArray，seqplots，SeqVarTools，ShortRead，simulatorZ，SNPchip，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20111119，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SomatiCA，SomaticCancerAlterations，连接工具，SplicingGraphs，TFBSTools，ToPASeq，tracktables，三层，VariantFiltering，waveTiling
建议我	BeadArrayUseCases，BiocGenerics，BiocParallel，腰带，DMRcate，GenomeInfoDb，interactiveDisplay，IRanges，metaseqR，海市蜃楼，NarrowPeaks，NGScopy，SeqGSEA，斯坦
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	GenomicRanges_1.18.4.tar.gz
Windows二进制	GenomicRanges_1.18.4.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹)	GenomicRanges_1.18.4.tgz
Mac OS X 10.9(小牛队)	GenomicRanges_1.18.4.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/GenomicRanges/tree/release-3.0
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicRanges/
包下载报告	下载数据