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ReactomePA
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这个包是3.0版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ReactomePA。
Reactome途径分析
Bioconductor版本:3.0
这个包提供了路径分析功能基于REACTOME通路数据库。它实现了富集分析,基因集富集分析和一些可视化的功能。
作者:Guangchuang Yu < guangchuangyu gmail.com >
维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“ReactomePA”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”) biocLite (“ReactomePA”)
文档
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browseVignettes (“ReactomePA”)
| R脚本 | ReactomePA - R包Reactome途径分析 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 注释,GeneSetEnrichment,MultipleComparison,通路,软件,可视化 |
| 版本 | 1.10.1 |
| Bioconductor自 | BioC 2.10 (r - 2.15)(4年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | |
| 进口 | 剂量,AnnotationDbi,reactome.db,org.Hs.eg.db,igraph,石墨 |
| 链接 | |
| 建议 | clusterProfiler,GOSemSim,ChIPseeker,knitr |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | ChIPseeker,clusterProfiler,剂量,GOSemSim |
| 构建报告 |
包档案
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
| 包的来源 | ReactomePA_1.10.1.tar.gz |
| Windows二进制 | ReactomePA_1.10.1.zip |
| Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | ReactomePA_1.10.1.tgz |
| Mac OS X 10.9(小牛) | ReactomePA_1.10.1.tgz |
| Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
| Git源代码 | https://github.com/bioconductor - mirror/reactomepa/tree/release - 3.0 |
| 包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/ReactomePA/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
