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这个包是3.0版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅VariantFiltering。

过滤的编码和非编码基因变异

Bioconductor版本:3.0

过滤器使用不同标准的遗传变异等遗传模型,氨基酸变化结果,最小等位基因频率在人口、强度、剪切位点保护等。

作者:一些m . Elurbe罗伯特Castelo

维护人员:罗伯特Castelo <罗伯特。在upf.edu castelo >

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PDF		VariantFiltering:过滤编码和非编码基因变异
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,遗传学,HighThroughputSequencing,Homo_sapiens,单核苷酸多态性,测序,软件
版本	1.2.14
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.0.0)、方法BiocGenerics(> = 0.11.3)
进口	DBI,RSQLite(> = 1.0.0),Biobase,S4Vectors,IRanges(> = 1.99.17),AnnotationDbi,BiocParallel,Biostrings(> = 2.33.11),GenomeInfoDb(> = 1.2.2),GenomicRanges(> = 1.17.19),GenomicFeatures,Rsamtools(> = 1.17.8),BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,VariantAnnotation(> = 1.12.2),闪亮的
链接	S4Vectors,IRanges,XVector,Biostrings
建议	BiocStyle,org.Hs.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608,MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123,MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138,phastCons100way.UCSC.hg19,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131,SIFT.Hsapiens.dbSNP137
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rcastelo/VariantFiltering/issues
取决于我	MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123,MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123,MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138,MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138,phastCons100way.UCSC.hg19,phastCons100way.UCSC.hg19
进口我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	VariantFiltering_1.2.14.tar.gz
Windows二进制	VariantFiltering_1.2.14.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	VariantFiltering_1.2.14.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	VariantFiltering_1.2.14.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/variantfiltering/tree/release - 3.0
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/VariantFiltering/
包下载报告	下载数据