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该软件包适用于生物导体的3.0版;对于稳定的最新版本,请参阅翻译。
生物导体版本:3.0
在不同水平的基因表达(转录组,翻译组,蛋白质组)之间比较两种生物条件(治疗,未经治疗的,患病与正常,突变体与野生型)的比较,检测差异表达的基因(DEG),使用了几种统计方法:等级产品,翻译效率,t检验,SAM,LIMMA,ANOTA,DESEQ,EDGER。使用散点图,直方图,MA图,标准偏差(SD)图,变异系数(CV)图绘制结果的可能性。在先前针对两个表达水平的DEG列表中检测明显富集后的转录后调节因子(RBP,miRNA等)和基因本体术语。GO术语的比较仅在其中一个级别或两者中丰富。来自两个表达式水平的丰富GO术语列表之间的语义相似性得分的计算。视觉检查和比较富集的术语与热图,雷达图和小花。
作者:Toma Tebaldi,Erik Dassi,Galena Kostoska
维护者:toma tebaldi
引用(从r内,输入引用(“翻译”)
):
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Browsevignettes(“ Translatome”)
R脚本 | 翻译 | |
参考手册 |
生物浏览 | 细胞生物学,,,,差异性,,,,去,,,,基因表达,,,,结肠管制,,,,微阵列,,,,多重组合,,,,QualityControl,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.4.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.13(R-3.0)(2。5年) |
执照 | LGPL |
要看 | R(> = 2.15.0),方法,林玛,,,,Sigpathway,,,,萨姆,,,,Anota,,,,deseq,,,,EDGER,,,,rankprod,,,,topgo,,,,org.hs.eg.db,,,,Gosemsim,,,,热倍,,,,GPLOTS,,,,plotrix |
进口 | |
链接 | |
建议 | |
系统要求 | |
增强 | |
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取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | Translatome_1.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | Translatome_1.4.0.zip |
Mac OS X 10.6(雪豹) | Translatome_1.4.0.tgz |
Mac OS X 10.9(Mavericks) | Translatome_1.4.0.tgz |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/translatome/tree/release-3.0 |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/translatome/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |