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Wavcluster
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该软件包适用于生物导体的3.0版；对于稳定的最新版本，请参阅Wavcluster。
Wavcluster
生物导体版本：3.0
推断PAR-CLIP诱导的过渡，并使用非参数混合物模型将它们与测序误差，SNP，污染物和其他非实验原因区分开。WavCluster在高分辨率下分辨集群边界，并提供群集统计的强大估计。此外，该软件包允许集成RNA-Seq数据以在整个相对替代频率范围内估算FDR。此外，该软件包提供了结果和功能的后处理，以导出UCSC基因组浏览器可视化和基序搜索分析的结果。密钥函数支持并行多重点计算。虽然WavCluster设计用于PAR-CLIP数据分析，但它可以应用于从诱导实验程序（例如Bisseq）获得的其他下一代测序数据的分析（例如Bisseq）。
作者：Federico Comoglio和Cem Sievers
维护者：federico comoglio
引用（从r内，输入引用（“ Wavcluster”））：
安装
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文档
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Browsevignettes（“ WavCluster”）
| R脚本 | Wavcluster | |
| 参考手册 |
细节
| 生物浏览 | 测序，，，，软件 |
| 版本 | 2.0.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.0（R-3.1）（1。5年） |
| 执照 | GPL-2 |
| 要看 | r（> = 3.0.0），基因组机，，，，rsamtools |
| 进口 | 生物弦，，，，foreach，，，，GenomicFeatures，，，，GGPLOT2，，，，HMISC，，，，iranges，，，，mclust，，，，rtracklayer，，，，seqinr，，，，Stringr，，，，WMTSA |
| 链接 | |
| 建议 | bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19 |
| 系统要求 | |
| 增强 | DOMC |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
| 包源 | wavcluster_2.0.0.tar.gz |
| Windows二进制 | wavcluster_2.0.0.zip |
| Mac OS X 10.6（雪豹） | wavcluster_2.0.0.tgz |
| Mac OS X 10.9（Mavericks） | wavcluster_2.0.0.tgz |
| 颠覆源 | （用户名/密码：ReadOnly） |
| git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/wavcluster/tree/release-3.0 |
| 包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/wavcluster/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
