HTML文档的Bioconductor样式

创作减价/ HTML包欧洲杯2021体育彩票小插图

启用Bioconductor风格在你的减价(.Rmd小插曲:

将以下内容添加到描述文件
```
建议:BiocStyle，针织
```

中指定小插图引擎.Rmd文件(在HTML注释中)

<！——%% \VignetteEngine{knitr::knitr}——> . txt

的开头添加以下代码块.Rmd小插曲

' ' ' {r style, echo = FALSE, results = 'asis'} BiocStyle::markdown()' ' '

使用rmarkdown装饰图案引擎

启用更新的rmarkdown（RMarkdown v2)小插图生成器引擎你需要:

编辑到描述通过添加
```
建议:BiocStyle，针织，rmarkdown
```

在你的.Rmd文件

<！——%% \VignetteEngine{knitr::rmarkdown}——>

包括，除了代码块调用BiocStyle:减价()(见上文)，定义输出格式的元数据头。在文档的最上方添加
```
——output: BiocStyle::html_document——
```

的BiocStyle: html_document输出格式扩展了rmarkdown内置html_document格式，你可以使用它的任何参数，例如设置标题和添加目录

——title: "Document title " output: BiocStyle::html_document: toc: true——

风格的宏

BiocStyle介绍在引用时有用的以下宏R包:

' r Biocpkg (IRanges) '为Bioconductor软件包，包括发布版本登陆页面的链接，IRanges．
' r Biocannopkg (org.Hs.eg.db) '为Bioconductor注释包，包括一个到发布版本登陆页面的链接，org.Hs.eg.db．
' r Biocexptpkg (parathyroidSE) '为Bioconductor实验数据包，包括发布版本登陆页面的链接，parathyroidSE．
' r CRANpkg (data.table) '为RCRAN上提供的软件包，包括FHCRC CRAN镜像登陆页面的链接，data.table．
' r Githubpkg(“rstudio / rmarkdown”)”为RGitHub上可用的包，包括到包存储库的链接，rmarkdown．
' r Rpackage (MyPkg) '为R包是不上可用Bioconductor， CRAN或GitHub;MyPkg．

其他格式化功能

与默认的markdown外观相比，格式的差异包括:

图片和表格显示居中。

v = seq(0, 60i, length = 1000) plot(abs(v)*exp(v)， type = "l"， col = "Royalblue")

块状图

表显示有条纹行:
```
水果|价格------- | -----香蕉| 1.2苹果| 1.0橙子| 2.5
```
生产

水果价格

香蕉 1．2

苹果 1．0

橙子 2.5
段落文本是合理的
在新的浏览器选项卡/窗口中打开外部链接

水果	价格
香蕉	1．2
苹果	1．0
橙子	2.5

数学符号可以包含在标记文档中。你可以用同样的方法写数学表达式乳胶，除了在逃避它们方面有一些不同。

内联:用于内联公式的使用 $P(x) = \frac{1}{2}$ 或$P(x) = \frac{1}{2}$，它们都呈现为$P(x) = \frac{1}{2}$。
独立:数学可以通过书写在单独的行中显示$$P(x) = \frac{1}{2}$$或\[P(x) = \frac{1}{2}.\]\[P(x) = \frac{1}{2}.\]

添加自定义样式表

控件可以使用其他样式表BiocStyle:减价函数。包括my.css文件使用

{r style, echo = FALSE, results = 'asis'} BiocStyle::markdown(css。Files = c('my.css'))' ' '

例如，您可能希望包含一些包含shell命令的代码块，并通过不同的格式来区分它们。为此，让代码块类是. sh

``{.sh} ls ```

my.css

.sh {border-style: none;Border-left: 2px #1a81c2 solid;填充物:0em 0em 0em 1em;粗细:大胆的;｝

结果是

ls

如果您正在使用r Githubpkg(“rstudio / rmarkdown”)(例如，使用最新版本的RStudio)额外的CSS样式表需要定义在header和不在呼唤BiocStyle:减价：

——output: BiocStyle::html_document: css: my.css——

使用RStudio

目前，有两个markdown引擎内置RStudio:较老的基于减价包，较新的使用rmarkdown包中。这两个引擎之间的设置和结果输出有一些不同。

从RStudio版本0.98.932 markdown文档默认使用更新的rmarkdown引擎。你可以无视它，强制执行RStudio通过在源文件中添加一个特殊的注释，使用前一个引擎渲染你的标记文档:

<！——rmarkdown v1——>

会话信息

这是的输出sessionInfo ()在编译本文档的系统上:

## R版本3.1.1 Patched (2014-09-25 r66681) ## Platform: x86_64-unknown-linux-gnu(64位)## ## locale: ## [1] LC_CTYPE=en_US。UTF-8 LC_NUMERIC= c# # [3] LC_TIME=en_US。UTF-8 LC_COLLATE= c# [5] LC_MONETARY=en_US。utf - 8 LC_MESSAGES = en_US。UTF-8 ## [7] LC_PAPER=en_US。UTF-8 LC_NAME= c# [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE= c# [11] LC_MEASUREMENT=en_US。UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C ## ##附加的基本包:## [1]stats graphics grDevices utils datasets methods base ## ##其他附加的包:## [1]BiocStyle_1.4.1 ## ##通过命名空间加载(并没有附加):## [1]evaluate_0.5.5 formatR_1.0 knitr_1.7 stringgr_0.6.2 ## [5] tools_3.1.1