### R代码来自vignette源的vignettes/ind1KG/inst/doc/nov09rv。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:lkd1-1 ################################################### 库(ind1KG)库(Rsamtools ) ################################################### ### 代码块2号:解决方案 ################################################### readPileup < selectMethod(“readPileup”、“连接 ") ################################################### ### 代码块3号:lkd1-2 ################################################### pup17 < - gzfile(执行(“限速/ n240_17.pup.gz”、包=“ind1KG”))c17p。i <- readPileup(pup17, variant="indel") levels(seqnames(c17p.i)) seqlevels(c17p.i) = gsub("17"， "chr17"， seqlevels(c17p.i)) c17p.i)我 ################################################### ### 代码块数量4:李 ################################################### 库(SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506) c6 < - getSNPlocs(“chr6”)负责人(c6, 5 ) ################################################### ### 代码块5号:getg ################################################### 库(org.Hs.eg.db) egid < - get(“CDRT4 revmap (org.Hs.egSYMBOL)) kgid < -得到(egid org.Hs.egUCSCKG)库(GenomicFeatures)库(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene) txdb = TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18。knownGene txloc <- transcripts(txdb) cdrt4txloc <- txloc[elementMetadata(txloc)$tx_name %in% kgid] subsetByOverlaps(c17p. txt)我,cdrt4txloc ) ################################################### ### 代码块6号:lkm ################################################### cdrt4txid < - as.character (elementMetadata (cdrt4txloc) tx_id美元)cdrt4exloc < - exonsBy (txdb) [cdrt4txid] subsetByOverlaps (c17p。我,cdrt4exloc ) ################################################### ### 代码块7号:lkd ################################################### 图书馆(ind1KG)图书馆(筷子)数据(yri240_6) yri240_6 hm头(yri240_6增刊美元,10美元 ) ################################################### ### 代码块8号:lklu ################################################### 库(lumiHumanIDMapping) < - lumiHumanIDMapping_dbconn监狱()dbListTables (con) dbGetQuery(反对,“select * from HumanWG6_V1限制5 ") ################################################### ### 代码块9号:噢 ################################################### sessionInfo ()