Biostrings
  |
这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本，请参见Biostrings．
表示生物序列的字符串对象，以及匹配算法
Bioconductor版本:3.1
内存高效的字符串容器，字符串匹配算法和其他实用程序，用于快速操作大型生物序列或序列集。
作者:H.佩奇，P. Aboyoun, R. Gentleman, S. DebRoy
维护人员:H. Pages
引文(从R内，输入引用(“Biostrings”))：
安装
要安装这个包，启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“Biostrings”)
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“Biostrings”)
细节
| biocViews |
对齐，DataImport，DataRepresentation，遗传学，基础设施，SequenceMatching，测序，软件 |
| 版本 |
2.36.4 |
| 在Bioconductor |
BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 11年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 |
| 取决于 |
R(>= 2.8.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.11.3),S4Vectors(> = 0.5.21),IRanges(> = 2.1.2),XVector(> = 0.7.3) |
| 进口 |
图形，方法，统计，utils，BiocGenerics，IRanges，XVector，zlibbioc |
| 链接 |
S4Vectors(> = 0.5.21),IRanges，XVector |
| 建议 |
BSgenome(> = 1.13.14),BSgenome.Celegans.UCSC.ce2(> = 1.3.11),BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.3.11),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18，drosophila2probe，hgu95av2probe，hgu133aprobe，GenomicFeatures(> = 1.3.14),hgu95av2cdf，affy(> = 1.41.3),affydata(> = 1.11.5),RUnit |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
Rmpi |
| URL |
|
| 全靠我 |
altcdfenvs，Basic4Cseq，大脑，BSgenome，ChIPpeakAnno，ChIPsim，切肉刀，CRISPRseek，DASiR，解读，deepSNV，FDb.FANTOM4.promoters.hg19，GeneRegionScan，基因组，GenomicAlignments，哥特，harbChIP，hiReadsProcessor，iPAC，JASPAR2014，烤肉串，LowMACA，MethTargetedNGS，methVisual，minfi，MotifDb，motifRG，motifStack，msa，肌肉，益生元，oneChannelGUI，pd.ag，pd.aragene.1.0.st，pd.aragene.1.1.st，pd.ath1.121501，pd.barley1，pd.bovgene.1.0.st，pd.bovgene.1.1.st，pd.bovine，pd.bsubtilis，pd.cangene.1.0.st，pd.cangene.1.1.st，pd.canine，pd.canine.2，pd.celegans，pd.chicken，pd.chigene.1.0.st，pd.chigene.1.1.st，pd.chogene.2.0.st，pd.chogene.2.1.st，pd.citrus，pd.cotton，pd.cyngene.1.0.st，pd.cyngene.1.1.st，pd.cyrgene.1.0.st，pd.cyrgene.1.1.st，pd.cytogenetics.array，pd.drogene.1.0.st，pd.drogene.1.1.st，pd.drosgenome1，pd.drosophila.2，pd.e.coli.2，pd.ecoli，pd.ecoli.asv2，pd.elegene.1.0.st，pd.elegene.1.1.st，pd.equgene.1.0.st，pd.equgene.1.1.st，pd.felgene.1.0.st，pd.felgene.1.1.st，pd.fingene.1.0.st，pd.fingene.1.1.st，pd.genomewidesnp.5，pd.genomewidesnp.6，pd.guigene.1.0.st，pd.guigene.1.1.st，pd.hc.g110，pd.hg.focus，pd.hg.u133.plus.2，pd.hg.u133a，pd.hg.u133a.2，pd.hg.u133a.tag，pd.hg.u133b，pd.hg.u219，pd.hg.u95a，pd.hg.u95av2，pd.hg.u95b，pd.hg.u95c，pd.hg.u95d，pd.hg.u95e，pd.hg18.60mer.expr，pd.ht.hg.u133.plus.pm，pd.ht.hg.u133a，pd.ht.mg.430a，pd.hta.2.0，pd.hu6800，pd.huex.1.0.st.v2，pd.hugene.1.0.st.v1，pd.hugene.1.1.st.v1，pd.hugene.2.0.st，pd.hugene.2.1.st，pd.maize，pd.mapping250k.nsp，pd.mapping250k.sty，pd.mapping50k.hind240，pd.mapping50k.xba240，pd.margene.1.0.st，pd.margene.1.1.st，pd.medgene.1.0.st，pd.medgene.1.1.st，pd.medicago，pd.mg.u74a，pd.mg.u74av2，pd.mg.u74b，pd.mg.u74bv2，pd.mg.u74c，pd.mg.u74cv2，pd.mirna.1.0，pd.mirna.2.0，pd.mirna.3.0，pd.mirna.4.0，pd.moe430a，pd.moe430b，pd.moex.1.0.st.v1，pd.mogene.1.0.st.v1，pd.mogene.1.1.st.v1，pd.mogene.2.0.st，pd.mogene.2.1.st，pd.mouse430.2，pd.mouse430a.2，pd.mta.1.0，pd.mu11ksuba，pd.mu11ksubb，pd.nugo.hs1a520180，pd.nugo.mm1a520177，pd.ovigene.1.0.st，pd.ovigene.1.1.st，pd.pae.g1a，pd.plasmodium.anopheles，pd.poplar，pd.porcine，pd.porgene.1.0.st，pd.porgene.1.1.st，pd.rabgene.1.0.st，pd.rabgene.1.1.st，pd.rae230a，pd.rae230b，pd.raex.1.0.st.v1，pd.ragene.1.0.st.v1，pd.ragene.1.1.st.v1，pd.ragene.2.0.st，pd.ragene.2.1.st，pd.rat230.2，pd.rcngene.1.0.st，pd.rcngene.1.1.st，pd.rg.u34a，pd.rg.u34b，pd.rg.u34c，pd.rhegene.1.0.st，pd.rhegene.1.1.st，pd.rhesus，pd.rice，pd.rjpgene.1.0.st，pd.rjpgene.1.1.st，pd.rn.u34，pd.rta.1.0，pd.rusgene.1.0.st，pd.rusgene.1.1.st，pd.s.aureus，pd.soybean，pd.soygene.1.0.st，pd.soygene.1.1.st，pd.sugar.cane，pd.tomato，pd.u133.x3p，pd.vitis.vinifera，pd.wheat，pd.x.laevis.2，pd.x.tropicalis，pd.xenopus.laevis，pd.yeast.2，pd.yg.s98，pd.zebgene.1.0.st，pd.zebgene.1.1.st，pd.zebrafish，PWMEnrich，qrqc，R453Plus1Toolbox，REDseq，rGADEM，Roleswitch，rRDP，Rsamtools，RSVSim，sangerseqR，扫描。通用产品，scsR，SELEX，seqbias，ShortRead，spliceSites，ssviz，systemPipeR，三层，waveTiling |
| 进口我 |
AffyCompatible，AllelicImbalance，ArrayExpressHTS，BCRANK，击败，BioSeqClass，biovizBase，BSgenome，魅力，ChIPseqR，ChIPsim，cn，cobindR，compEpiTools，customProDB，dagLogo，diffHic，easyRNASeq，ensemblVEP，FDb.InfiniumMethylation.hg18，FDb.InfiniumMethylation.hg19，FourCSeq，gcrma，GeneRegionScan，GenomicAlignments，GenomicFeatures，ggbio，GGtools，ggtree，girafe，gmapR，GoogleGenomics，Gviz，gwascat，h5vc，HiTC，HTSeqGenie，KEGGREST，MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123，MafDb.ALL.wgs.phase3.release.v5a.20130502，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137，MafDb.ExAC.r0.3.sites，MatrixRider，MEDIPS，MEDME，methVisual，methylPipe，微，motifRG，MotIV，oligoClasses，OTUbase，Pbase，pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1，pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoter，pd.2006.07.18.mm8.refseq.promoter，pd.2006.10.31.rn34.refseq.promoter，pd.atdschip.tiling，pd.charm.hg18.example，pd.feinberg.hg18.me.hx1，pd.feinberg.mm8.me.hx1，pd.mirna.3.1，pdInfoBuilder，phyloseq，podkat，聚酯，proBAMr，Pviz，qrqc，QuasR，r3Cseq，Rcpi，REDseq，Repitools，rGADEM，RNAprobR，Rolexa，Rqc，rSFFreader，rtracklayer，SeqArray，seqPattern，seqplots，SGSeq，soGGi，SomaticSignatures，synapter，TFBSTools，VariantAnnotation，VariantFiltering，VariantTools，wavClusteR |
| 建议我 |
注释，BeadArrayUseCases，CSAR，exomeCopy，GenomicFiles，GenomicRanges，genoset，methylumi，微，海市蜃楼，pcaGoPromoter，procoil，rpx，rTRM，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20111119，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，XVector |
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