##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("CRISPRseek")

此包适用于Bioconductor的3.1版本;有关稳定的最新发布版本，请参见CRISPRseek．

基因组编辑系统CRISPR-Cas9靶向特异性引导rna的设计

Bioconductor版本:3.1

该软件包包括为输入目标序列寻找潜在的引导rna，可选地过滤没有限制性酶切位点的引导rna，或没有成对的引导rna，全基因组搜索脱靶，评分，排名，获取侧翼序列，并指示目标和脱靶是否位于外显子区域的功能。潜在的引导rna被注释为gRNA的功效，top5和topN脱靶的总分，详细的topN错配位点，限制性内切酶切割位点和成对的引导rna。如果安装GeneRfold，则汇总文件中将包含gRNA和gRNA骨干常数区二级结构的最小自由能和括号符号。这个包利用Biostrings和BSgenome包。

作者:朱丽华，Benjamin R. Holmes, Herve Pages, Isana Veksler-Lublinsky, Victor Ambros, Neil Aronin和Michael Brodsky

维护者:朱莉朱丽华<朱莉。朱:umassmed.edu >

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("CRISPRseek")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“CRISPRseek”)

PDF	R脚本	CRISPRseek装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation，SequenceMatching，软件
版本	1.8.1
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(2年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.0.1),BiocGenerics，Biostrings，BSgenome，seqinr
进口
链接
建议	RUnit，BiocStyle，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	CRISPRseek_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	CRISPRseek_1.8.1.zip
Mac OS X 10.6(雪豹)	CRISPRseek_1.8.1.tgz
Mac OS X 10.9(小牛队)	CRISPRseek_1.8.1.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/CRISPRseek/tree/release-3.1
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CRISPRseek/
包下载报告	下载数据