要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ deseq2”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。
此软件包适用于生物导体的3.1版;对于稳定的最新版本,请参阅deseq2。
生物导体版本:3.1
估计来自高通量测序测定法的计数数据的依赖性依赖性,并基于模型使用负二项式分布测试差异表达。
作者:迈克尔·洛夫(HSPH波士顿),西蒙·安德斯(Simon Anders),沃尔夫冈·霍伯(Wolfgang Huber)
维护者:迈克尔·洛夫(Michael Love)
引用(从r内,输入引用(“ deseq2”)
):
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要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“ deseq2”)
R脚本 | 用“ DESEQ2”软件包分析RNA-Seq数据 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | chipseq,,,,差异性,,,,基因表达,,,,rnaseq,,,,智者,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.8.2 |
在生物导体中 | Bioc 2.12(R-3.0)(3年) |
执照 | LGPL(> = 3) |
要看 | S4VECTORS,,,,iranges,,,,基因组机,,,,RCPP(> = 0.10.1),rcpparmadillo(> = 0.3.4.4) |
进口 | 生物基因(> = 0.7.5),生物酶,,,,生物比较,,,,GeneFilter, 方法,Locfit,,,,Geneplotter,,,,GGPLOT2,,,,HMISC |
链接 | RCPP,,,,rcpparmadillo |
建议 | 测试,,,,GPLOTS,,,,尼特,,,,rcolorbrewer,,,,生物使用,,,,呼吸道,,,,帕西拉(> = 0.2.10),deseq,,,,VSN |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | dexseq,,,,Fourcseq,,,,mlseq,,,,RGSEPD,,,,TCC |
进口我 | 富集兄弟,,,,Fourcseq,,,,htsfilter,,,,门索,,,,报告工具,,,,Systempiper,,,,topaseq |
建议我 | 生物基因,,,,compcoder,,,,差异,,,,量规,,,,Onechannelgui |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | deseq2_1.8.2.tar.gz |
Windows二进制 | deseq2_1.8.2.zip(32-和64位) |
Mac OS X 10.6(雪豹) | deseq2_1.8.2.tgz |
Mac OS X 10.9(Mavericks) | deseq2_1.8.2.tgz |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/deseq2/tree/release-3.1 |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/deseq2/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |