要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ deseq2”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。

deseq2

此软件包适用于生物导体的3.1版;对于稳定的最新版本,请参阅deseq2

基于负二项式分布的差异基因表达分析

生物导体版本:3.1

估计来自高通量测序测定法的计数数据的依赖性依赖性,并基于模型使用负二项式分布测试差异表达。

作者:迈克尔·洛夫(HSPH波士顿),西蒙·安德斯(Simon Anders),沃尔夫冈·霍伯(Wolfgang Huber)

维护者:迈克尔·洛夫(Michael Love)

引用(从r内,输入引用(“ deseq2”)):

安装

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##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ deseq2”)

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ deseq2”)

PDF R脚本 用“ DESEQ2”软件包分析RNA-Seq数据
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 chipseq,,,,差异性,,,,基因表达,,,,rnaseq,,,,智者,,,,测序,,,,软件
版本 1.8.2
在生物导体中 Bioc 2.12(R-3.0)(3年)
执照 LGPL(> = 3)
要看 S4VECTORS,,,,iranges,,,,基因组机,,,,RCPP(> = 0.10.1),rcpparmadillo(> = 0.3.4.4)
进口 生物基因(> = 0.7.5),生物酶,,,,生物比较,,,,GeneFilter, 方法,Locfit,,,,Geneplotter,,,,GGPLOT2,,,,HMISC
链接 RCPP,,,,rcpparmadillo
建议 测试,,,,GPLOTS,,,,尼特,,,,rcolorbrewer,,,,生物使用,,,,呼吸道,,,,帕西拉(> = 0.2.10),deseq,,,,VSN
系统要求
增强
URL
取决于我 dexseq,,,,Fourcseq,,,,mlseq,,,,RGSEPD,,,,TCC
进口我 富集兄弟,,,,Fourcseq,,,,htsfilter,,,,门索,,,,报告工具,,,,Systempiper,,,,topaseq
建议我 生物基因,,,,compcoder,,,,差异,,,,量规,,,,Onechannelgui
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

包源 deseq2_1.8.2.tar.gz
Windows二进制 deseq2_1.8.2.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹) deseq2_1.8.2.tgz
Mac OS X 10.9(Mavericks) deseq2_1.8.2.tgz
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/deseq2/tree/release-3.1
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/deseq2/
软件包下载报告 下载统计

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