要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“富集浏览器”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本,请参见EnrichmentBrowser.
Bioconductor版本:3.1
richmentbrowser包实现了基因表达数据的丰富分析的基本功能。该分析结合了基于集的富集分析和基于网络的富集分析的优势,以获得在所研究的表达数据中差异调控的高置信基因集和生物途径。此外,该软件包促进了这些集和路径的可视化和探索。
作者:Ludwig Geistlinger
维护者:Ludwig Geistlinger
引文(从R内,输入引用(“EnrichmentBrowser”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“富集浏览器”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“EnrichmentBrowser”)
R脚本 | EnrichmentBrowser手册 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,微阵列,网络,NetworkEnrichment,通路,RNASeq,ReportWriting,软件,可视化 |
版本 | 1.2.2 |
在Bioconductor | BioC 3.0 (R-3.1)(1.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 3.0.0),Biobase,GSEABase,pathview |
进口 | AnnotationDbi,ComplexHeatmap,DESeq2,EDASeq,GenomicRanges,GO.db,KEGGREST,KEGGgraph,质量,PathNet,ReportingTools,Rgraphviz,S4Vectors,SparseM,SPIA,biocGraph,biomaRt,刨边机,geneplotter,图,hwriter,limma,mixtools,neaGUI,npGSEA,安全,stringr,topGO |
链接 | |
建议 | 所有,BiocStyle,气道,hgu95av2.db |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | EnrichmentBrowser_1.2.2.tar.gz |
Windows二进制 | EnrichmentBrowser_1.2.2.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | EnrichmentBrowser_1.2.2.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | EnrichmentBrowser_1.2.2.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/EnrichmentBrowser/tree/release-3.1 |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/EnrichmentBrowser/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
支持»
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