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这个包是3.1版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SNPRelate。

并行计算工具集亲缘和SNP数据的主成分分析

Bioconductor版本:3.1

全基因组关联研究(GWAS)被广泛用于研究疾病的遗传基础和特征,但是他们带来了许多计算的挑战。我们开发了一个R包SNPRelate提供二进制格式单核苷酸多态性(SNP)数据在GWAS利用CoreArray基因组数据结构(GDS)数据文件。GDS格式提供了高效的操作与两位专门为整数,SNP只能占领以来两位。SNPRelate也旨在加速两个关键计算SNP数据使用多核并行计算对称多处理计算机体系结构:主成分分析(PCA)和使用Identity-By-Descent亲缘分析措施。苏格兰民族党GWASTools所使用的格式在这个包也包在S4的支持类和通用函数。

作者:Xiuwen郑(cre, aut cph],斯蒂芬妮Gogarten[所有],凯茜劳里(施),布鲁斯堰(施,黑色)

维护人员:Xiuwen郑< zhengx u.washington.edu >

安装

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文档

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browseVignettes (“SNPRelate”)

HTML	R脚本	教程的R / SNPRelate Bioconductor包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	遗传学,基础设施,PrincipalComponent,软件,StatisticalMethod
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 2.14),gdsfmt(> = 1.2.2)
进口
链接	gdsfmt
建议	平行,RUnit,knitr,质量,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL	http://github.com/zhengxwen/SNPRelatehttp://corearray.sourceforge.net/tutorials/SNPRelate/
BugReports	http://github.com/zhengxwen/SNPRelate/issues
取决于我
进口我
建议我	《创世纪》,GWASTools,HIBAG
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	SNPRelate_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	SNPRelate_1.2.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	SNPRelate_1.2.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	SNPRelate_1.2.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/snprelate/tree/release - 3.1
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SNPRelate/
包下载报告	下载数据