要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“SomaticSignatures”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本,请参见SomaticSignatures.
Bioconductor版本:3.1
SomaticSignatures包识别单核苷酸变体(SNVs)的突变签名。它提供了与Nik-Zainal (2012, Cell)中描述的方法相关的基础设施,具有矩阵分解算法的灵活性。
作者:Julian Gehring(海德堡EMBL)
维护者:Julian Gehring < Julian。Gehring at embl.de>
引文(从R内,输入引用(“SomaticSignatures”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“SomaticSignatures”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“SomaticSignatures”)
超文本标记语言 | R脚本 | SomaticSignatures |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 聚类,GenomicVariation,测序,软件,SomaticMutation,StatisticalMethod,可视化 |
版本 | 2.4.8 |
在Bioconductor | BioC 2.14 (R-3.1)(2年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 3.1.0),VariantAnnotation,GenomicRanges |
进口 | S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,Biostrings,ggplot2,ggbio,reshape2,NMF,pcaMethods,Biobase、方法、代理 |
链接 | |
建议 | testthat,knitr平行,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,SomaticCancerAlterations,ggdendro,fastICA,股东价值分析 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | //www.andersvercelli.com/packages/release/bioc/html/SomaticSignatures.htmlhttps://github.com/julian-gehring/SomaticSignatures-release |
全靠我 | |
进口我 | Rariant |
建议我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | SomaticSignatures_2.4.8.tar.gz |
Windows二进制 | SomaticSignatures_2.4.8.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | SomaticSignatures_2.4.8.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | SomaticSignatures_2.4.8.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/SomaticSignatures/tree/release-3.1 |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/SomaticSignatures/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
支持»
请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一: