要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“SomaticSignatures”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

SomaticSignatures

这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本,请参见SomaticSignatures

体细胞签名

Bioconductor版本:3.1

SomaticSignatures包识别单核苷酸变体(SNVs)的突变签名。它提供了与Nik-Zainal (2012, Cell)中描述的方法相关的基础设施,具有矩阵分解算法的灵活性。

作者:Julian Gehring(海德堡EMBL)

维护者:Julian Gehring < Julian。Gehring at embl.de>

引文(从R内,输入引用(“SomaticSignatures”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“SomaticSignatures”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“SomaticSignatures”)

超文本标记语言 R脚本 SomaticSignatures
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类GenomicVariation测序软件SomaticMutationStatisticalMethod可视化
版本 2.4.8
在Bioconductor BioC 2.14 (R-3.1)(2年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.1.0),VariantAnnotationGenomicRanges
进口 S4VectorsIRangesGenomeInfoDbBiostringsggplot2ggbioreshape2NMFpcaMethodsBiobase、方法、代理
链接
建议 testthatknitr平行,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19SomaticCancerAlterationsggdendrofastICA股东价值分析
SystemRequirements
增强了
URL //www.andersvercelli.com/packages/release/bioc/html/SomaticSignatures.htmlhttps://github.com/julian-gehring/SomaticSignatures-release
全靠我
进口我 Rariant
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 SomaticSignatures_2.4.8.tar.gz
Windows二进制 SomaticSignatures_2.4.8.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) SomaticSignatures_2.4.8.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks) SomaticSignatures_2.4.8.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/SomaticSignatures/tree/release-3.1
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/SomaticSignatures/
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