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此软件包适用于生物导体的3.1版;对于稳定的最新版本,请参阅fastseg。
生物导体版本:3.1
FastSeg实现了非常快速有效的分割算法。它具有与DNACOPY相似的功能(Olshen和Venkatraman 2004),但更快,更灵活。FastSeg可以从DNA微阵列和下一代测序中的数据分割数据,例如检测副本编号段。此外,它可以从RNA微阵列(例如瓷砖阵列)分割数据以识别成绩单。通常,它可以将给出的数据分割为矩阵或向量。各种数据格式可以用作fastSeg的输入,例如用于微阵列的表达式设置对象或用于测序数据的granges。FASTSEG的分割标准基于贝叶斯框架中的统计检验,即网络t检验(Baldi 2001)。速度是由于事实引起的,即FastSeg不需要采样,并且使用动态编程方法来计算片段的第一和更高阶段。
作者:Guenter Klambauer
维护者:Guenter Klambauer
引用(从r内,输入引用(“ fastseg”)
):
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browsevignettes(“ fastseg”)
R脚本 | FastSeg:R包的手册 | |
参考手册 |
生物浏览 | 分类,,,,库务,,,,软件 |
版本 | 1.14.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.9(R-2.14)(4。5年) |
执照 | LGPL(> = 2.0) |
要看 | r(> = 2.13),基因组机,,,,生物酶 |
进口 | 图形,统计信息,iranges,,,,生物基因 |
链接 | |
建议 | DNACOPIGY,,,,奥利戈 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | http://www.bioinf.jku.at/software/fastseg/fastseg.html |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | fastSeg_1.14.0.tar.gz |
Windows二进制 | fastSeg_1.14.0.zip(32-和64位) |
Mac OS X 10.6(雪豹) | fastSeg_1.14.0.tgz |
Mac OS X 10.9(Mavericks) | fastSeg_1.14.0.tgz |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/fastseg/tree/release-3.1 |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/fastseg/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |