要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ fastseg”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。

fastseg

此软件包适用于生物导体的3.1版;对于稳定的最新版本,请参阅fastseg

FastSeg-快速分割算法

生物导体版本:3.1

FastSeg实现了非常快速有效的分割算法。它具有与DNACOPY相似的功能(Olshen和Venkatraman 2004),但更快,更灵活。FastSeg可以从DNA微阵列和下一代测序中的数据分割数据,例如检测副本编号段。此外,它可以从RNA微阵列(例如瓷砖阵列)分割数据以识别成绩单。通常,它可以将给出的数据分割为矩阵或向量。各种数据格式可以用作fastSeg的输入,例如用于微阵列的表达式设置对象或用于测序数据的granges。FASTSEG的分割标准基于贝叶斯框架中的统计检验,即网络t检验(Baldi 2001)。速度是由于事实引起的,即FastSeg不需要采样,并且使用动态编程方法来计算片段的第一和更高阶段。

作者:Guenter Klambauer

维护者:Guenter Klambauer

引用(从r内,输入引用(“ fastseg”)):

安装

要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ fastseg”)

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ fastseg”)

PDF R脚本 FastSeg:R包的手册
PDF 参考手册

细节

生物浏览 分类,,,,库务,,,,软件
版本 1.14.0
在生物导体中 Bioc 2.9(R-2.14)(4。5年)
执照 LGPL(> = 2.0)
要看 r(> = 2.13),基因组机,,,,生物酶
进口 图形,统计信息,iranges,,,,生物基因
链接
建议 DNACOPIGY,,,,奥利戈
系统要求
增强
URL http://www.bioinf.jku.at/software/fastseg/fastseg.html
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

包源 fastSeg_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 fastSeg_1.14.0.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹) fastSeg_1.14.0.tgz
Mac OS X 10.9(Mavericks) fastSeg_1.14.0.tgz
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/fastseg/tree/release-3.1
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/fastseg/
软件包下载报告 下载统计

文档»

生物导体

r/克兰软件包和文档

支持»

请阅读发布指南。向以下位置之一发布有关生物导体的问题:

  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • Bioc-devel邮件列表 - 包装开发人员2021欧洲杯体育投注开户
弗雷德·哈钦森癌症研究中心