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计
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这个包是3.1版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅计。
一般适用于基因片段的浓缩途径分析
Bioconductor版本:3.1
计是一组基因的方法发表(浓缩或GSEA)或途径分析。计一般适用的微阵列或RNA-Seq数据属性包括独立的样本大小,实验设计,实验平台,和其他类型的异质性,不断达到更高的性能比其他常用方法。计方案,我们提供功能基本计分析,处理和显示结果。我们还建立了管道的例程在一批多个计分析,比较并行分析,并结合分析异构数据从不同的来源/研究。此外,我们提供演示和常用的基因微阵列数据集数据基于KEGG通路和条款。这些特性和数据所以也使用其他方法用于基因集分析。
作者:Weijun罗
维护人员:Weijun罗< luo_weijun yahoo.com >
从内部引用(R,回车引用(“规”)):
安装
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文档
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browseVignettes(“规”)
| R脚本 | 基因集和数据准备 | |
| R脚本 | 普遍适用的基因簇/路径分析 | |
| R脚本 | RNA-Seq数据通路和基因片段的分析工作流 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DifferentialExpression,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,微阵列,MultipleComparison,OneChannel,通路,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology,TwoChannel |
| 版本 | 2.18.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.7 (r - 2.12)(5.5年) |
| 许可证 | GPL (> = 2.0) |
| 取决于 | R (> = 2.10) |
| 进口 | 图,KEGGREST,AnnotationDbi |
| 链接 | |
| 建议 | pathview,gageData,GO.db,org.Hs.eg.db,hgu133a.db,GSEABase,Rsamtools,GenomicAlignments,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,DESeq,DESeq2,刨边机,limma |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/161 |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | FGNet,gageData,pathview |
| 构建报告 |
包档案
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
| 包的来源 | gage_2.18.0.tar.gz |
| Windows二进制 | gage_2.18.0.zip |
| Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | gage_2.18.0.tgz |
| Mac OS X 10.9(小牛) | gage_2.18.0.tgz |
| Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
| Git源代码 | https://github.com/bioconductor - mirror/gage/tree/release - 3.1 |
| 包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/gage/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
