要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“hapFabia”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本,请参见hapFabia.
Bioconductor版本:3.1
通过FABIA聚类在大测序数据中识别非常短的IBD片段的包。如果两个单倍型都从一个共同的祖先继承了一个片段,那么它们就是相同的后裔(IBD)。目前的IBD方法可靠地检测长IBD片段,因为片段中的许多小等位基因在两个单倍型之间是一致的。然而,许多队列研究包含不相关的个体,这些个体仅共享较短的IBD片段。该软件包提供了在测序数据中识别短IBD片段的软件。IBD短片段的知识与基因分型数据的分期、关联研究和群体遗传学相关,它们有助于揭示人类的进化史。该软件包支持VCF格式,基于稀疏矩阵操作,并以不同格式提供单倍型集群的可视化。
作者:Sepp Hochreiter
维护者:Sepp Hochreiter
引文(从R内,输入引用(“hapFabia”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“hapFabia”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“hapFabia”)
R脚本 | hapFabia: R包的手册 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 聚类,GeneticVariability,遗传学,单核苷酸多态性,SequenceMatching,测序,软件,可视化 |
版本 | 1.10.0 |
在Bioconductor | BioC 2.11 (R-2.15)(3.5年) |
许可证 | LGPL (>= 2.1) |
取决于 | R (>= 2.12.0),Biobase,fabia。(> = 2.3.1) |
进口 | 方法,图形,grDevices,统计,utils |
链接 | |
建议 | |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://www.bioinf.jku.at/software/hapFabia/hapFabia.html |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | hapFabia_1.10.0.tar.gz |
Windows二进制 | hapFabia_1.10.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | hapFabia_1.10.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | hapFabia_1.10.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/hapFabia/tree/release-3.1 |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/hapFabia/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
支持»
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