要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“hapFabia”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

hapFabia

这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本,请参见hapFabia

hapFabia:在大量测序数据中以罕见变异为特征的非常短的遗传片段鉴定(IBD)

Bioconductor版本:3.1

通过FABIA聚类在大测序数据中识别非常短的IBD片段的包。如果两个单倍型都从一个共同的祖先继承了一个片段,那么它们就是相同的后裔(IBD)。目前的IBD方法可靠地检测长IBD片段,因为片段中的许多小等位基因在两个单倍型之间是一致的。然而,许多队列研究包含不相关的个体,这些个体仅共享较短的IBD片段。该软件包提供了在测序数据中识别短IBD片段的软件。IBD短片段的知识与基因分型数据的分期、关联研究和群体遗传学相关,它们有助于揭示人类的进化史。该软件包支持VCF格式,基于稀疏矩阵操作,并以不同格式提供单倍型集群的可视化。

作者:Sepp Hochreiter

维护者:Sepp Hochreiter

引文(从R内,输入引用(“hapFabia”)):

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“hapFabia”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“hapFabia”)

PDF R脚本 hapFabia: R包的手册
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类GeneticVariability遗传学单核苷酸多态性SequenceMatching测序软件可视化
版本 1.10.0
在Bioconductor BioC 2.11 (R-2.15)(3.5年)
许可证 LGPL (>= 2.1)
取决于 R (>= 2.12.0),Biobasefabia。(> = 2.3.1)
进口 方法,图形,grDevices,统计,utils
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL http://www.bioinf.jku.at/software/hapFabia/hapFabia.html
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 hapFabia_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 hapFabia_1.10.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) hapFabia_1.10.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks) hapFabia_1.10.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/hapFabia/tree/release-3.1
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/hapFabia/
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