要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“mzR”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

mzR

这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本,请参见mzR

解析器用于netCDF, mzXML, mzData和mzML和mzIdentML文件(质谱数据)

Bioconductor版本:3.1

mzR为质谱数据的通用文件格式和解析器提供了统一的API。它附带了ISB随机访问解析器的包装,用于质谱mzXML, mzData和mzML文件。这个包包含ISB编写的原始代码,以及用于mzML和mzIdentML的proteowizard库的一个子集。netCDF读取代码以前在XCMS中使用过。

作者:Bernd Fischer, Steffen Neumann, Laurent Gatto, Qiang Kou

维护者:Bernd Fischer , Steffen Neumann , Laurent Gatto , Qiang Kou

引文(从R内,输入引用(“mzR”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“mzR”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“mzR”)

PDF R脚本 获取原始质谱分析和鉴定数据
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImport基础设施MassSpectrometry代谢组学蛋白质组学软件
版本 2.2.2
在Bioconductor BioC 2.9 (R-2.14)(4.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 Rcpp(>= 0.10.1),方法,utils
进口 BiobaseBiocGenerics(> = 0.13.6),ProtGenerics
链接 Rcppzlibbioc
建议 msdata(> = 0.3.5),RUnitmzIDBiocStyleknitr
SystemRequirements GNU制作,NetCDF
增强了
URL https://github.com/sneumann/mzR/
BugReports https://github.com/sneumann/mzR/issues/new
全靠我 MSGFguiMSnbaseTargetSearchxcms
进口我 PbaseRMassBankSIMAT
建议我 qcmetricsRforProteomics
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 mzR_2.2.2.tar.gz
Windows二进制 mzR_2.2.2.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) mzR_2.2.2.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks) mzR_2.2.2.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/mzR/tree/release-3.1
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/mzR/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

弗雷德哈钦森癌症研究中心