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这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本，请参见phyloseq。

处理和分析高通量微生物种群普查数据。

Bioconductor版本:3.1

Phyloseq提供了一组类和工具来促进微生物组普查数据的导入、存储、分析和图形化显示。

作者:Paul J. McMurdie < McMurdie at alumni.standford.edu >， Susan Holmes < Susan at stat.standford.edu >，由Gregory Jordan和Scott Chamberlain提供

维护者:Paul J. McMurdie < McMurdie at alumni.standford.edu >

安装

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文档

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超文本标记语言	R脚本	系统序列分析小插图
超文本标记语言	R脚本	phyloseq和DESeq2对结直肠癌数据的影响
超文本标记语言	R脚本	Phyloseq基础插图
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，聚类，GeneticVariability，宏基因组，微生物组，MultipleComparison，测序，软件
版本	1.12.2
在Bioconductor	BioC 2.10 (R-2.15)(4年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (>= 3.1.0)
进口	BiocGenerics(> = 0.14.0),ade4(> = 1.7.2),猿(> = 3.1.1),biom(> = 0.3.9),Biostrings(> = 2.28.0),集群(> = 1.14.4),data.table(> = 1.9.4),DESeq2(> = 1.4.0),foreach(> = 1.4.2),ggplot2(> = 1.0.0),igraph(>= 0.7.0)，方法(>= 3.1.0)，乘(> = 2.16.0),plyr(> = 1.8),reshape2(> = 1.2.2),尺度(> = 0.2.3),素食主义者(> = 2.0.10)
链接
建议	genefilter(> = 1.42.0),testthat(> = 0.8),knitr(> = 1.3)
SystemRequirements
增强了	doParallel(> = 1.0.1)
URL	http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0061217
BugReports	https://github.com/joey711/phyloseq/issues
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	phyloseq_1.12.2.tar.gz
Windows二进制	phyloseq_1.12.2.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	phyloseq_1.12.2.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	phyloseq_1.12.2.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/phyloseq/tree/release-3.1
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/phyloseq/
软件包下载报告	下载数据