### R代码从vignette源代码的chipenrich。Rnw“# # #编码:utf - 8 ################################################### ### 代码块1号:chipenrich。Rnw: 22日至23日 ################################################### 选项(宽度= 60 ) ################################################### ### 代码块2号:chipenrich_kegg_mappa ################################################### 库(chipenrich)库(chipenrich.data ) ################################################### ### 代码块3号:load_peaks ################################################### 数据(peaks_E2F4)数据(peaks_H3K4me3_GM12878 ) ################################################### ### 代码块数量4:head_peaks ################################################### 数据(peaks_E2F4)头(peaks_E2F4 ) ################################################### ### 代码块5号:list_genomes ################################################### supported_genomes () ################################################### ### 代码块6号:list_locusdefs ################################################### supported_locusdefs () ################################################### ### 代码块7号:list_genesets ################################################### supported_genesets () ################################################### ### 代码块8号:list_methods ################################################### supported_methods () ################################################### ### 代码块9号:list_mappas ################################################### supported_read_lengths () ################################################### ### 代码块10号:图一 ################################################### plot_dist_to_tss (= ' hg19山峰= peaks_E2F4基因组 ') ################################################### ### 代码块11号:图二 ################################################### plot_spline_length(峰值= peaks_E2F4 locusdef = nearest_tss,基因组= ' hg19 ') ################################################### ### 代码块12号:就知道 ################################################### plot_spline_length(峰值= peaks_E2F4 locusdef = nearest_tss,基因组= hg19, use_mappability = T, read_length = 24 ) ################################################### ### 代码块13号:图四 ################################################### plot_gene_coverage(峰值= peaks_H3K4me3_GM12878 locusdef = nearest_tss,基因组= ' hg19 ') ################################################### ### 代码块14号:chipenrich ################################################### 结果= chipenrich(峰值= peaks_E2F4 genesets =“biocarta_pathway locusdef =“nearest_tss max_geneset_size = 100, qc_plots = F, out_name = NULL, n_cores = 2)的结果。ce = results$results[order(results$results$P.value)，] results。ce (1:5, 1:5 ] ################################################### ### 代码块数量15:chipenrich_with_mappa ################################################### 结果= chipenrich(峰值= peaks_E2F4 genesets =“biocarta_pathway locusdef =“nearest_tss max_geneset_size = 100, use_mappability = T, read_length = 24日qc_plots = F, out_name = NULL, n_cores = 2)的结果。cem = results$results[order(results$results$P.value)，] results。cem[1:5,1:5] ################################################### ### code chunk number 16: chipenrich ################################################### results = chipenrich(peaks = peaks_H3K4me3_GM12878, genesets = "biocarta_pathway", method='broadenrich', locusdef = "nearest_tss", max_geneset_size = 100, qc_plots = F, out_name = NULL,n_cores=2) results.be = results$results[order(results$results$P.value),] results.be[1:5,1:5] ################################################### ### code chunk number 17: chipenrich_fisher ################################################### results = chipenrich(peaks = peaks_E2F4, genesets = c("kegg_pathway"), locusdef = "5kb", method = "fet", fisher_alt = "two.sided", max_geneset_size = 100, qc_plots = F, out_name = NULL) results.fet = results$results[order(results$results$P.value),] results.fet[1:5,1:5] ################################################### ### code chunk number 18: show_peaks ################################################### peaks_to_genes = results$peaks head(peaks_to_genes) ################################################### ### code chunk number 19: show_results_colnames ################################################### colnames(results$results)