### R代码从vignette源代码的fastseg。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:fastseg。Rnw: 39-42 ################################################### 选项(宽度= 80)set.seed (0) fastsegVersion < - packageDescription (fastseg)版本 ################################################### ### 代码块2号:fastseg。Rnw: 106 - 107 ################################################### 库(fastseg ) ################################################### ### 代码块3号:fastseg。Rnw: 123 - 131 ################################################### 数据(柯瑞尔)头(柯瑞尔)samplenames < - colnames(柯瑞尔)[4:5]数据< - as.matrix(柯瑞尔[4:5])#数据(is.na(数据)]< -中值(数据、na.rm = TRUE)铬< -柯瑞尔染色体maploc < -柯瑞尔美元地位 ################################################### ### 代码块数量4:fastseg。Rnw: 144 - 149 ################################################### data2 < -数据[1]res < - fastseg (data2)头(res ) ################################################### ### 代码块5号:fastseg。Rnw: 153 - 156 ################################################### data2 < -数据[1:400,]res < - fastseg (data2)头(res ) ################################################### ### 代码块6号:fastseg。Rnw:162-182 ################################################### library("GenomicRanges") ## with both individual gr <- GRanges(seqnames=chrom, ranges=IRanges(maploc, end=maploc)) elementMetadata(gr) <- data colnames(elementMetadata(gr)) <- samplenames res <- fastseg(gr) head(res) ## with one individual gr2 <- gr data2 <- as。矩阵(数据[1])colnames (data2) < - - - - - -“sample1 elementMetadata (gr2) < - data2 res < fastseg (gr2)头(res ) ################################################### ### 代码块7号:fastseg。Rnw: 187 - 201 ################################################### 库(低聚糖)eSet < -新(ExpressionSet) assayData (eSet) < -列表(强度=数据)featureData (eSet) < -新(“AnnotatedDataFrame”,data = data.frame(铬=粘贴(“空空”,铬,9 = " "),开始= maploc结束= maploc stringsAsFactors = FALSE)) phenoData (eSet) < -新(“AnnotatedDataFrame”,data = data.frame(样品= samplenames) samplenames (eSet) < - samplenames res < - fastseg (eSet)头(res ) ################################################### ### 代码块8号:fastseg。Rnw: 205 - 210 ################################################### data2 < -数据[1]res < - fastseg (data2)头(res ) ################################################### ### 代码块9号:fastseg。Rnw: 214 - 217 ################################################### data2 < -数据[1:400,]res < - fastseg (data2)头(res ) ################################################### ### 代码块10号:fastseg。Rnw:225-231 ################################################### ## with both individuals gr <- GRanges(seqnames=chrom, ranges=IRanges(maploc, end=maploc)) elementMetadata(gr) <- data colnames(elementMetadata(gr)) <- samplenames res <- fastseg(gr,segMedianT=0.2) ################################################### ### code chunk number 11: fastseg.Rnw:237-238 ################################################### segPlot(gr,res, plot.type="w") ################################################### ### code chunk number 12: fastseg.Rnw:245-246 ################################################### segPlot(gr,res, plot.type="s") ################################################### ### code chunk number 13: fastseg.Rnw:259-261 ################################################### data(fastsegData) system.time(res <- fastseg(fastsegData)) ################################################### ### code chunk number 14: fastseg.Rnw:265-266 ################################################### segPlot(fastsegData,res, plot.type="w") ################################################### ### code chunk number 15: fastseg.Rnw:270-273 ################################################### library(DNAcopy) cna <- DNAcopy::CNA(fastsegData,chrom="chr1",maploc=1:length(fastsegData)) system.time(res2 <- DNAcopy::segment(cna)) ################################################### ### code chunk number 16: fastseg.Rnw:277-278 ################################################### plot(res2, plot.type="w", xmaploc=TRUE) ################################################### ### code chunk number 17: fastseg.Rnw:296-297 (eval = FALSE) ################################################### ## toBibtex(citation("fastseg"))