如何合并GatingSets

使用

.groupByTree (x) .checkRedundantNodes (x) .dropRedundantNodes (x, toRemove) .dropRedundantChannels (gs、…)

参数

x
GatingSet的对象或组列表(每个小组成员都是一个列表的GatingSet)

toRemove要删除的节点集的列表。它的长度必须等于参数的长度x

…其他参数

# #警告.load_gs(= =输出路径,文件文件):提高序列化# #格式是被弃用。尝试重新保存它与谷歌协议# #缓冲”(自由= PB) !

删除redudant叶/终端节点

叶节点二硝基酚和DPT分析,应该是redudant吗删除在合并之前。

隐藏非叶节点

单线态在第二棵树节点不存在。但我们不能删除它,因为它将删除所有的后代。我们可以隐藏它代替。

看不见(setNode (gs2,“汗衫”,假))情节(gs2)情节(gs3)

注意,甚至控制树木看起来一样但单线态身体仍然存在,所以我们必须引用的数量相对路径(路径=“自动”)而不是完整路径。

getNodes (gs2) [5] getNodes (gs3) [5]

# #[1]“/不是碎片/背心/ CD3 + / CD4/38 -博士+”# #[1]“不是碎片/ CD3 + / CD4/38 -博士+”

getNodes (gs2、路径=“汽车”)[5]getNodes (gs3、路径=“汽车”)[5]

# #[1]”+”博士CD4/38 - # # [1]“CD4/38 -博士+”

同构

这两个树不完全相同由于不同的顺序的CD4和CD8。但是他们仍然mergable感谢引用通过控制路径而不是通过数字指标

方便的包装器合并

缓解合并的过程中大量的批实验,下面是一些内部包装让它半自动。

分组由树结构

gslist < -列表(gs1, gs2 gs3, gs4, gs5) gs_groups < - flowWorkspace::: .groupByTree (gslist)

# #分组通过控制树……

长度(gs_groups)

[1]4

这把所有GatingSet分成不同的组,每一组同样的树结构。这里我们有4组,

检查是否可以解决这种差异下降叶节点

res < -尝试(flowWorkspace::: .checkRedundantNodes (gs_groups),沉默= TRUE)打印(res [[1]])

”[1](误差函数(thisNodeSet thisObj): \ n不能把非终结符节点:单线态\ n”

显然,非叶节点(单线态)失败了这张支票,由用户决定是否隐藏这个节点或阻止这一组单独的进一步融合。在这里,我们试图隐藏它。

(gs_groups gp)图(gp [[1]])

基于树结构的每组(通常没有尽可能多的团体GatingSet对象本身),我们将隐藏单线态为组2和组4。

(我的c(2、4))为(gs gs_groups[[我]])看不见(setNode (gs、“汗衫”假)

现在再次检查.checkRedundantNodes

暴雨< - flowWorkspace::: .checkRedundantNodes (gs_groups)暴雨

[[1]][1]“CCR7 + 45 ra +”“CCR7 + 45 ra -”

[[2]][1]“DNT”“DPT”

[[3]]字符(0)

[[4]]字符(0)

在此基础上,可以合并这些组下降

• CCR7 + 45 ra +和CCR7 + 45 ra -从组1。
• 二硝基酚和DPT从组2。

进行这些节点的删除,.dropRedundantNodes可以使用,而不是做手工吗

flowWorkspace:::。dropRedundantNodes (gs_groups暴雨)

CCR7 + 45 ra + # # # #删除删除CCR7 + 45 ra - DNT # # # #删除删除DPT

现在他们可以合并成一个GatingSetList。

GatingSetList (gslist)

与5 GatingSet包含5 GatingSetList独特的样本。

删除冗余通道GatingSet

有时可能会有额外的渠道在一个数据集,防止它被并入其它。如果没有使用这些通道大门,然后他们可以安全地删除。

flowWorkspace::: .dropRedundantChannels (gs1)

# # FSC-H下降,FSC-W, < G560-A >, < G780-A >、时间

与1 GatingSet样本