### R代码来自vignette源代码的quantsmooth。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:SimplePlot ################################################### 库(quantsmooth)数据(chr14)情节(affy.cn [1], pch =“。”)行(quantsmooth (affy.cn [1]), lwd = 2 ) ################################################### ### 代码块2号:FirstComparison ################################################### 情节(affy.pos affy.cn [1], ylab =“拷贝数”,xlab =“位置”,pch =“。”)行(affy.pos, quantsmooth (affy.cn [1]), lwd = 2)点(bac.pos, bac.cn[1],坳=“红色”,pch =“。”)行(bac.pos, quantsmooth (bac.cn[1]),坳=“红色”,lwd = 2)点(ill.pos, ill.cn[1],坳=“蓝色”,pch =“。”)行(ill.pos, quantsmooth (ill.cn[1]),坳=“蓝色”,lwd = 2)传说(“topleft”,传说= c(“affymetrix”、“illumina公司”、“BAC”),坳= c(“黑”、“红”、“蓝色”),lty = 1)################################################### ### 代码块3号:LambdaLengthDependent ################################################### λ。除符<-50 plot(affy.pos,affy.cn[，1]，ylab="copy number"，xlab="position"，pch=".") lines(affy.pos,quantsmooth(affy.cn[，1]，smooth.lambda=length(affy.pos)/lambda.divisor)，lwd=2) points(bac.pos,bac.cn[，1]， smooth.lambda=length(bac.pos)/lambda.divisor) lines(bac.pos,quantsmooth(bac.cn[，1]，smooth.lambda=length(bac.pos)/lambda.divisor)，col="red"， pch=".") points(ill.pos,ill.cn[，1]，col="blue"，pch=".") lines(ill.pos,quantsmooth(ill.pos,ill.cn[，1]，col="blue"，pch=".") lines(ill.pos,quantsmooth(ill.pos,ill.cn[，1]，col="blue"，pch=".") lines(ill.pos,quantsmooth(ill.pos,ill.cn[，1]，col="blue"，pch=".") lines(ill.pos,quantsmooth(ill.pos,ill.cn[，1]，col="blue"，传奇(“topleft”,传说= c(“affymetrix”、“illumina公司”、“BAC”),坳= c(“黑”、“红”、“蓝色”),lty = 1 ) ################################################### ### 代码块数量4:Crossvalidation ################################################### λ< 2 ^ seq(= 2, = 5, = 0.25)λ。res <- rep(NA, length(lambdas)) for (lambda in 1:length(lambdas)) lambda。res(λ)< - quantsmooth.cv (bac.cn[1],λ(λ))情节(λ,lambda.res类型=“l”)(which.min (lambda.res abline (v =λ )]) ################################################### ### 代码块5号:PercentileSmoothing ################################################### 情节(bac.pos quantsmooth (bac.cn [1], smooth.lambda = (bac.pos)长度/ lambda.divisor),坳=“红色”,类型=“l”,lwd = 2)线(bac.pos, quantsmooth (bac.cn [1], smooth.lambda = (bac.pos) / lambda.divisor长度,τ= 0.25),坳=“红色”,lty = 2)线(bac.pos, quantsmooth (bac.cn [1], smooth.lambda = (bac.pos) / lambda.divisor长度,τ= 0.75),坳=“红色”,lty = 2 ) ################################################### ### 代码块6号:plotSmoothed ################################################### plotSmoothed (bac.cn, bac.pos ylim = c (2.5), normalized.to = 2, smooth.lambda = (bac.pos) / lambda.divisor长度 ) ################################################### ### 代码块7号:ChangedRegions ################################################### plotSmoothed (ill.cn [1], ill.pos ylim = c (2.5), normalized.to = 2, smooth.lambda = (ill.pos)长度/ lambda.divisor) res < -getChangedRegions (ill.cn [1], ill.pos normalized.to = 2,间隔= 0.5)段(res, "开始",1.0,res,“结束”,1.0,坳= 2,lwd = 2 ) ################################################### ### 代码块8号:quantsmooth。Rnw: 123 - 124 ################################################### toLatex (sessionInfo ())