arrayexpresshts

doi:10.18129/b9.bioc.ArrayExpresshts

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅arrayexpresshts

ArrayExpress高吞吐量测序处理管道

生物导体版本:3.10

用于公共阵列Express实验或本地数据集的RNA-Seq处理管道

作者:安吉拉·冈卡维斯(Angela Goncalves),安德鲁·蒂科诺夫(Andrew Tikhonov)

维护者:Angela Goncalves ,Andrew Tikhonov

引用(从r内,输入引用(“ arrayexpresshts”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ arrayexpresshts”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ arrayexpresshts”)

PDF R脚本 ArrayExpresshts:用于转录分析实验的RNA-SEQ管道
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 免疫学,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件
版本 1.36.0
在生物导体中 Bioc 2.8(R-2.13)(9年)
执照 艺术许可2.0
要看 采样,,,,rsamtools(> = 1.99.0),
进口 生物酶,,,,生物基因,,,,生物弦,,,,deseq,,,,基因组机,,,,HMISC,,,,iranges(> = 2.13.11),R2HTML,,,,rcolorbrewer,,,,rsamtools,,,,Shortread,,,,XML,,,,Biomart,,,,EDGER,grdevices,图形,方法,rjava,统计SVMISC,utils,sendmailr,,,,比特
链接 Rhtslib(> = 1.15.3)
建议
系统要求 gnu做
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 arrayexpresshts_1.36.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(El Capitan) arrayexpresshts_1.36.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/arrayexpresshts
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/arrayexpresshts
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/arrayexpresshts/
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