bitseq

doi:10.18129/b9.bioc.bitseq

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅bitseq

RNA-seq数据的转录本表达推断和差异表达分析

生物导体版本:3.10

BITSEQ软件包是针对转录本表达分析和在两个阶段过程中对RNA-Seq数据的差异表达分析的目标。在第一阶段,它使用贝叶斯推理方法来从单个RNA-Seq实验中推断单个转录本的表达。BITSEQ的第二阶段包含转录本表达的差异表达分析。从多个条件的重复物中提供表达估计值,估计值的对数正态模型用于推断条件平均转录本表达式,并根据差分表达的可能性对转录本进行排名。

作者:Peter Glaus,Antti Honkela和Magnus Rattray

维护者:antti honkela ,panagiotis papastamoulis

引用(从r内,输入引用(“ bitseq”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ bitseq”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ bitseq”)

PDF R脚本 BITSEQ用户指南
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 替代方案,,,,贝叶斯,,,,差异性,,,,差速器,,,,基因表达,,,,免疫学,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件,,,,转录
版本 1.30.1
在生物导体中 Bioc 2.10(R-2.15)(8年)
执照 Artistic-2.0 +文件执照
要看 rsamtools(> = 1.99.3)
进口 S4VECTORS,,,,iranges
链接 Rhtslib(> = 1.15.5)
建议 EDGER,,,,deseq,,,,生物使用
系统要求 gnu做
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 bitseq_1.30.1.tar.gz
Windows二进制 bitseq_1.30.1.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) bitseq_1.30.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bitseq
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/bitseq
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/bitseq/
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