CNVfilteR

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVfilteR

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见CNVfilteR。

通过SNV呼叫识别CNV呼叫工具的误报

Bioconductor版本:3.10

CNVfilteR识别那些可以通过使用通常在普通NGS管道中获得的单核苷酸变体(SNV)调用来丢弃的cnv。

作者:Jose Marcos Moreno-Cabrera 和Bernat Gel

维护者:Jose Marcos Moreno-Cabrera

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("CNVfilteR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CNVfilteR”)

超文本标记语言	R脚本	CNVfilteR装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,DNASeq,DataImport,测序,软件,可视化
版本	1.0.4
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.6)
进口	IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperiment,pracma,地区,为了,karyoploteR,CopyNumberPlots，图形，utils，VariantAnnotation,Rsamtools,GenomeInfoDb,Biostrings、方法
链接
建议	knitr,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jpuntomarcos/CNVfilteR
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	CNVfilteR_1.0.4.tar.gz
Windows二进制	CNVfilteR_1.0.4.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CNVfilteR_1.0.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVfilteR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CNVfilteR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CNVfilteR/
软件包下载报告	下载数据