食典委

DOI:10.18129 / B9.bioc.CODEX

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见食典委．

全外显子组测序的归一化和拷贝数变异检测方法

Bioconductor版本:3.10

整个外显子组DNA测序数据的归一化和拷贝数变化调用程序。CODEX依赖于使用同一测序管道处理的多个样品的可用性进行归一化，不需要匹配的控制。CODEX中的归一化模型包括专门消除GC含量、外显子长度、靶向和扩增效率以及潜在系统性伪影的偏差的术语。CODEX还包括一个基于泊松似然的递归分割程序，显式建模基于计数的外显子组测序数据。

作者:蒋宇超，张楠

维护人员:Yuchao Jiang

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CODEX")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“法典”)

PDF	R脚本	使用食品
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，ExomeSeq，ImmunoOncology，归一化，质量控制，软件
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.2.3),Rsamtools，GenomeInfoDb，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，IRanges，Biostrings，S4Vectors
进口
链接
建议	WES.1KG.WUGSC
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	iCNV
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CODEX_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	CODEX_1.18.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CODEX_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CODEX
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/法典
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CODEX/
包下载报告	下载数据