Chippeakanno

doi：10.18129/b9.bioc.chippeakanno

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅Chippeakanno。

从CHIP-SEQ，芯片芯片实验或任何实验中鉴定出的峰的批次注释导致大量染色体范围

生物导体版本：3.10

该软件包包括以检索峰周围序列，获得富集基因本体（GO）术语，找到最近的基因，外显子，miRNA或自定义特征（例如大多数保守元素以及用户提供的其他转录因子结合位点）的功能。从2.0.5开始，已经添加了新功能，以查找具有摘要统计数据（峰值nearbdp）的双向启动子的峰值，以汇总峰（SummarizepatterninInpeaks）中的基序的发生，并将其他IDS添加到带注释的峰或富集的峰（Addgeneids）（）。该软件包利用BiomArt，Iranges，BioStrings，BSGENOME，GO.DB，MULTETEST和STAT软件包。

作者：Lihua Julie Zhu，Jianhong OU，Jun Yu，HervéPagès，Claude Gazin，Nathan Lawson，Ryan Thompson，Simon Lin，David Lapointe和Michael Green

维护者：lihua julie zhu ，jianhong ou

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ chippeakanno”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Chippeakanno”）

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html	R脚本	Chippeakanno快速开始
html	R脚本	Chippeakanno Vignette
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，chipseq，，，，芯片，，，，软件
版本	3.20.1
在生物导体中	Bioc 2.5（R-2.10）（10。5年）
执照	GPL（> = 2）
要看	R（> = 3.2），方法，网格，iranges（> = 2.13.12），生物弦（> = 2.47.6），基因组机（> = 1.31.8），S4VECTORS（> = 0.17.25），Venndiagram
进口	生物基因（> = 0.1.0），go.db，，，，Biomart，，，，BSGENOME，，，，GenomicFeatures，，，，GenomeInfodB，，，，矩阵，，，，AnnotationDbi，，，，林玛，，，，多检验，，，，rbgl，，，，图形，，，，生物管理器，统计区域人，，，，DBI，，，，Ensembldb，，，，生物酶，，，，seqinr，，，，IDR，，，，基因组签名，，，，延迟，，，，总结性特征，，，，rtracklayer，，，，rsamtools
链接
建议	Reactome.db，，，，bsgenome.ecoli.ncbi.20080805，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，org.ce.eg.db，，，，org.hs.eg.db，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce10，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER7，，，，ensdb.hsapiens.v75，，，，Ensdb.hsapiens.v79，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，GPLOTS，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，TrackViewer，，，，Motifstack，，，，有机体
系统要求
增强
URL
取决于我	redseq，，，，瓦肯
进口我	atacseqqc，，，，dchiprep，，，，DESCAN2，，，，funcisnp，，，，Guideseq，，，，redseq
建议我	chipseqdb，，，，R3CPET，，，，Ripseeker，，，，seqsetvis
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	chippeakanno_3.20.1.tar.gz
Windows二进制	chippeakanno_3.20.1.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	chippeakanno_3.20.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chippeakanno
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/chippeakanno
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/chippeakanno/
软件包下载报告	下载统计