此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见CoGAPS。
Bioconductor版本:3.10
协同基因活动模式集(CoGAPS)实现了一种贝叶斯MCMC矩阵分解算法,gap,并将其与基因集统计方法联系起来,以推断生物过程活动。它可以对任何数据进行稀疏矩阵分解,当该数据代表生物分子时,可以进行基因集分析。
作者:Thomas Sherman, Wai-shing Lee, Conor Kelton, Ondrej Maxian, Jacob Carey, Genevieve Stein-O'Brien, Michael Considine, Maggie Wodicka, John Stansfield, Shawn Sivy, Carlo Colantuoni, Alexander Favorov, Mike Ochs, Elana Fertig
维护者:Elana J. Fertig
引文(从R内,输入引用(“CoGAPS”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CoGAPS")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放。
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“CoGAPS”)
超文本标记语言 | R脚本 | CoGAPS |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 贝叶斯,聚类,DifferentialExpression,DimensionReduction,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,微阵列,MultipleComparison,RNASeq,软件,TimeCourse,转录 |
版本 | 3.6.0 |
在Bioconductor | BioC 2.7 (R-2.12)(9.5年) |
许可证 | GPL (= = 2) |
取决于 | R (>= 3.5.0) |
进口 | BiocParallel,集群、方法、gplots,图形,grDevices,RColorBrewer,Rcpp,S4Vectors,SingleCellExperiment统计数据,SummarizedExperiment,工具,utils,rhdf5 |
链接 | Rcpp |
建议 | testthat,knitr,rmarkdown,BiocStyle |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | projectR |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
源包 | CoGAPS_3.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | CoGAPS_3.6.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | CoGAPS_3.6.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CoGAPS |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CoGAPS |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/CoGAPS/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
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