DChIPRep

DOI:10.18129 / B9.bioc.DChIPRep

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见DChIPRep．

分析染色质修饰ChIP-Seq数据与复制

Bioconductor版本:3.10

DChIPRep包实现了一种方法来评估复制ChIP-Seq研究中染色质修饰谱之间的差异，如Chabbert et. al . http://www.dx.doi.org/10.15252/msb.20145776所述。该方法的详细描述在https://doi.org/10.7717/peerj.1981的软件论文中给出

作者:Bernd Klaus [aut, cre]， Christophe Chabbert [aut]， Sebastian Gibb [ctb]

维护者:Bernd Klaus < Bernd。克劳斯在embl.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DChIPRep”)

超文本标记语言	R脚本	DChIPRepVignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，测序，软件，WholeGenome
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(4.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.4)，DESeq2
进口	方法，统计，效用，ggplot2，fdrtool，reshape2，GenomicRanges，SummarizedExperiment，smoothmest，plyr，tidyr，为了，S4Vectors，purrr，soGGi，ChIPpeakAnno
链接
建议	mgcv，testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	DChIPRep_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	DChIPRep_1.16.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	DChIPRep_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DChIPRep
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DChIPRep
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DChIPRep/
软件包下载报告	下载数据