DEsubs

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEsubs

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见DEsubs．

DEsubs:一个R包，用于使用RNA-seq表达实验灵活识别差异表达的子通路

Bioconductor版本:3.10

DEsubs是一个基于网络的系统生物学包，它从RNA-seq实验记录的通路网络中提取疾病干扰子通路。它包含一个广泛的和可定制的框架，涵盖子路径分析所有阶段的广泛操作模式，支持具体案例的方法。操作模式是指针对各种生物和药理特征的通路网络构建和加工、子通路提取、可视化和富集分析。它的功能使它成为建模者和实验人员识别复杂疾病的更健壮的系统级生物标志物的工具指南。

作者:Aristidis G. Vrahatis和Panos Balomenos

维护者:阿里斯提迪斯G.弗拉哈提斯<阿夫拉哈提斯在乌帕特拉斯。gr>， Panos Balomenos < Balomenos at upatras.gr> . upatras.gr>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“DEsubs”)

PDF	R脚本	DEsubs
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，KEGG，网络，NetworkEnrichment，归一化，通路，RNASeq，软件，SystemsBiology
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.3),locfit
进口	图，igraph，RBGL，circlize，limma，刨边机，EBSeq，NBPSeq，DESeq，统计，grDevices，图形，pheatmap跑龙套,ggplot2，矩阵，jsonlite、工具、DESeq2、方法
链接
建议	RUnit，BiocGenerics，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	DEsubs_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	DEsubs_1.12.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	DEsubs_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEsubs
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DEsubs
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DEsubs/
包下载报告	下载数据