此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅EDASEQ。
生物导体版本:3.10
RNA-Seq读取数据的数值和图形摘要。采用循环效应(或其他基因级效应)对读数计数的车道内归一化程序:boress稳健的局部回归,全球尺度和全量式归一化(Risso等,2011)。车道上的归一化程序,以调整车道之间的分布差异(例如,测序深度):全球尺度和全量式归一化(Bullard等,2010)。
作者:Davide Risso [AUT,CRE,CPH],Sandrine Dudoit [AUT],Ludwig Geistlinger [CTB]
维护者:davide risso
引用(从r内,输入引用(“ edaseq”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ edaseq”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“ edaseq”)
html | R脚本 | Edaseq插图 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 差异性,,,,免疫学,,,,预处理,,,,QualityControl,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 2.20.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.9(R-2.14)(8。5年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | 生物酶(> = 2.15.1),Shortread(> = 1.11.42) |
进口 | 方法,图形,生物基因,,,,iranges(> = 1.13.9),deseq,,,,香气,,,,rsamtools(> = 1.5.75),Biomart,,,,生物弦,,,,AnnotationDbi,,,,GenomicFeatures,,,,基因组机,,,,生物管理器 |
链接 | |
建议 | 生物使用,,,,尼特,,,,yeastrnaseq,,,,Leebamviews,,,,EDGER,,,,克恩斯门茶,,,,测试 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://github.com/drisso/edaseq |
BugReports | https://github.com/drisso/edaseq/issues |
取决于我 | metaseqr,,,,Ruvseq |
进口我 | 共识,,,,达米尔塞克,,,,tcgabiolinks |
建议我 | bigpint,,,,DESCAN2,,,,htsfilter |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | edaseq_2.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | edaseq_2.20.0.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | edaseq_2.20.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/edaseq |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/edaseq |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/edaseq/ |
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