GDCRNATools

DOI:10.18129 / B9.bioc.GDCRNATools

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见GDCRNATools

GDCRNATools:一个R/Bioconductor包,用于GDC中lncRNA、mRNA和miRNA数据的综合分析

Bioconductor版本:3.10

这是一个易于使用的软件包,用于下载、组织和综合分析GDC中的RNA表达数据,重点是解码癌症中lncRNA-mRNA相关的ceRNA调节网络。包含三个lncRNA-miRNA相互作用数据库(海绵扫描、starBase、miRcode)和三个mRNA-miRNA相互作用数据库(miRTarBase、starBase、miRcode),用于构建ceRNAs网络。limma、edgeR和DESeq2可用于鉴别差异表达的基因/miRNAs。功能富集分析包括GO、KEGG和DO可以基于clusterProfiler和DO包执行。多基因的单变量CoxPH和KM生存分析都可以在包中实现。除了一些常规的可视化功能,如火山图、条形图和千米图,一些简单的应用程序被开发出来,以方便在本地网页上可视化结果。

作者:李瑞东,曲涵,王世波,魏巨龙,张乐,马仁元,陆建明,朱建国,钟伟德,贾振宇

维护人员:李瑞东,曲涵

引用(从R中,输入引用(“GDCRNATools”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DifferentialExpressionGeneExpressionGeneRegulationGeneSetEnrichmentGeneTargetImmunoOncologyKEGG网络NetworkEnrichmentNetworkInferenceRNASeq软件生存可视化
版本 1.6.0
Bioconductor自 BioC 3.7 (R-3.5)(2年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.5.0)
进口 闪亮的jsonliterjsonXMLlimma刨边机DESeq2clusterProfiler剂量org.Hs.eg.dbbiomaRt生存survminerpathviewggplot2gplotsDTGenomicDataCommonsBiocParallel
链接
建议 knitrtestthat
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包 GDCRNATools_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 GDCRNATools_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) GDCRNATools_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GDCRNATools
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GDCRNATools
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/GDCRNATools/
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