此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见GDCRNATools.
Bioconductor版本:3.10
这是一个易于使用的软件包,用于下载、组织和综合分析GDC中的RNA表达数据,重点是解码癌症中lncRNA-mRNA相关的ceRNA调节网络。包含三个lncRNA-miRNA相互作用数据库(海绵扫描、starBase、miRcode)和三个mRNA-miRNA相互作用数据库(miRTarBase、starBase、miRcode),用于构建ceRNAs网络。limma、edgeR和DESeq2可用于鉴别差异表达的基因/miRNAs。功能富集分析包括GO、KEGG和DO可以基于clusterProfiler和DO包执行。多基因的单变量CoxPH和KM生存分析都可以在包中实现。除了一些常规的可视化功能,如火山图、条形图和千米图,一些简单的应用程序被开发出来,以方便在本地网页上可视化结果。
作者:李瑞东,曲涵,王世波,魏巨龙,张乐,马仁元,陆建明,朱建国,钟伟德,贾振宇
维护人员:李瑞东
引用(从R中,输入引用(“GDCRNATools”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放.
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | DifferentialExpression,去,GeneExpression,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,GeneTarget,ImmunoOncology,KEGG,网络,NetworkEnrichment,NetworkInference,RNASeq,软件,生存,可视化 |
版本 | 1.6.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.7 (R-3.5)(2年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 3.5.0) |
进口 | 闪亮的,jsonlite,rjson,XML,limma,刨边机,DESeq2,clusterProfiler,剂量,org.Hs.eg.db,biomaRt,生存,survminer,pathview,ggplot2,gplots,DT,GenomicDataCommons,BiocParallel |
链接 | |
建议 | knitr,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。
源包 | GDCRNATools_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | GDCRNATools_1.6.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | GDCRNATools_1.6.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GDCRNATools |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GDCRNATools |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/GDCRNATools/ |
包下载报告 | 下载数据 |
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