GDCRNATools

DOI:10.18129 / B9.bioc.GDCRNATools

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见GDCRNATools．

GDCRNATools:一个R/Bioconductor包，用于GDC中lncRNA、mRNA和miRNA数据的综合分析

Bioconductor版本:3.10

这是一个易于使用的软件包，用于下载、组织和综合分析GDC中的RNA表达数据，重点是解码癌症中lncRNA-mRNA相关的ceRNA调节网络。包含三个lncRNA-miRNA相互作用数据库(海绵扫描、starBase、miRcode)和三个mRNA-miRNA相互作用数据库(miRTarBase、starBase、miRcode)，用于构建ceRNAs网络。limma、edgeR和DESeq2可用于鉴别差异表达的基因/miRNAs。功能富集分析包括GO、KEGG和DO可以基于clusterProfiler和DO包执行。多基因的单变量CoxPH和KM生存分析都可以在包中实现。除了一些常规的可视化功能，如火山图、条形图和千米图，一些简单的应用程序被开发出来，以方便在本地网页上可视化结果。

作者:李瑞东，曲涵，王世波，魏巨龙，张乐，马仁元，陆建明，朱建国，钟伟德，贾振宇

维护人员:李瑞东，曲涵

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，去，GeneExpression，GeneRegulation，GeneSetEnrichment，GeneTarget，ImmunoOncology，KEGG，网络，NetworkEnrichment，NetworkInference，RNASeq，软件，生存，可视化
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (R-3.5)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	闪亮的，jsonlite，rjson，XML，limma，刨边机，DESeq2，clusterProfiler，剂量，org.Hs.eg.db，biomaRt，生存，survminer，pathview，ggplot2，gplots，DT，GenomicDataCommons，BiocParallel
链接
建议	knitr，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GDCRNATools_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	GDCRNATools_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	GDCRNATools_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GDCRNATools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GDCRNATools
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GDCRNATools/
包下载报告	下载数据