地球

doi:10.18129/b9.bioc.geoquery

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅地球

从NCBI基因表达综合(GEO)获取数据

生物导体版本:3.10

NCBI基因表达综合(GEO)是微阵列数据的公共存储库。鉴于该资源的丰富性质和多样性,只想将生物导体工具应用于这些数据是很自然的。地球Query是地理和生物导体之间的桥梁。

作者:Sean Davis

维护者:sean davis

引用(从r内,输入引用(“ Geoquery”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ geoquery”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Geoquery”)

html R脚本 使用地球
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 DataImport,,,,微阵列,,,,Onechannel,,,,智者,,,,软件,,,,两通道
版本 2.54.1
在生物导体中 Bioc 1.8(R-2.3)(14年)
执照 GPL-2
要看 方法,生物酶
进口 httr,,,,readr(> = 1.3.1),XML2,,,,dplyr,,,,花花公子,,,,马格里特,,,,林玛
链接
建议 尼特,,,,rmarkDown,,,,生物基因,,,,测试,,,,COVR
系统要求
增强
URL https://github.com/seandavi/geoquery
BugReports https://github.com/seandavi/geoquery/issues/new
取决于我 drugvsdisease,,,,染色比例样本,,,,deogetAdb,,,,GSE62944,,,,扫描
进口我 Beadarrayusecases,,,,Bigmelon,,,,chipxpress,,,,coexnet,,,,杂交,,,,埃加德,,,,Gapgom,,,,Macpet,,,,Minfi,,,,MOONLIGHTR,,,,phantasus,,,,叙事,,,,Sradb
建议我 呼吸道,,,,抗fofilesdata,,,,Aucell,,,,坎特克,,,,ctsge,,,,Debcam,,,,diffcoepp,,,,染料,,,,弯头,,,,繁殖,,,,fgsea,,,,geneexpressionsignation,,,,Genomicozone,,,,GSEABENCHMARKER,,,,多lust,,,,多胎,,,,muscdata,,,,OMICSPRINT,,,,甲状旁腺,,,,路径上,,,,PCATOOLS,,,,PGSEA,,,,ProstateCancerCamcap,,,,Prostatecancergrasso,,,,Prostatecancerstockholm,,,,Prostatecancertaylor,,,,ProstateCancerServarame,,,,regparallel,,,,RGSEA,,,,rnits,,,,runibic,,,,skewr,,,,TargetScore,,,,ZFPKM
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 geoquery_2.54.1.tar.gz
Windows二进制 geoquery_2.54.1.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) geoquery_2.54.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/geoquery
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/地球
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/geoquery/
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