此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅哥特。
生物导体版本:3.10
这是使用累积二项式测试的HI-C分析软件包,以检测远端基因组基因座之间的相互作用,这些远端基因组基因群的读取明显超过HI-C实验中的偶然性。它采用映射的配对NG读为输入,并回馈基因组中给定垃圾箱大小的显着相互作用的列表。
作者:Borbala Mifsud和Robert Sugar
维护者:borbala mifsud
引用(从r内,输入引用(“哥特式”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ gothic”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“哥特式”)
R脚本 | package_vignettes.pdf | |
参考手册 |
生物浏览 | 表观遗传学,,,,嗝,,,,免疫学,,,,预处理,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.22.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.14(R-3.1)(6年) |
执照 | GPL-3 |
要看 | r(> = 3.5.0),方法,基因组机,,,,生物弦,,,,BSGENOME,,,,Data.Table |
进口 | 生物基因,,,,S4VECTORS(> = 0.9.38),iranges,,,,rsamtools,,,,Shortread,,,,rtracklayer,,,,GGPLOT2,,,,生物管理器,grdevices,utils,stats,GenomeInfodB |
链接 | |
建议 | Hicdatalymphoblast |
系统要求 | |
增强 | 平行 |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | gothic_1.22.0.tar.gz |
Windows二进制 | gothic_1.22.0.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | Gothic_1.22.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gothic |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/哥特式 |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/gothic/ |
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