哥特

doi:10.18129/b9.bioc.gothic

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅哥特

HI-C数据分析的二项式测试

生物导体版本:3.10

这是使用累积二项式测试的HI-C分析软件包,以检测远端基因组基因座之间的相互作用,这些远端基因组基因群的读取明显超过HI-C实验中的偶然性。它采用映射的配对NG读为输入,并回馈基因组中给定垃圾箱大小的显着相互作用的列表。

作者:Borbala Mifsud和Robert Sugar

维护者:borbala mifsud

引用(从r内,输入引用(“哥特式”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ gothic”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“哥特式”)

PDF R脚本 package_vignettes.pdf
PDF 参考手册

细节

生物浏览 表观遗传学,,,,,,,,免疫学,,,,预处理,,,,测序,,,,软件
版本 1.22.0
在生物导体中 Bioc 2.14(R-3.1)(6年)
执照 GPL-3
要看 r(> = 3.5.0),方法,基因组机,,,,生物弦,,,,BSGENOME,,,,Data.Table
进口 生物基因,,,,S4VECTORS(> = 0.9.38),iranges,,,,rsamtools,,,,Shortread,,,,rtracklayer,,,,GGPLOT2,,,,生物管理器,grdevices,utils,stats,GenomeInfodB
链接
建议 Hicdatalymphoblast
系统要求
增强 平行
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 gothic_1.22.0.tar.gz
Windows二进制 gothic_1.22.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) Gothic_1.22.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gothic
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/哥特式
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/gothic/
软件包下载报告 下载统计

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