GOexpress

DOI:10.18129 / B9.bioc.GOexpress

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见GOexpress．

使用基因本体注释可视化微阵列和RNAseq数据

Bioconductor版本:3.10

该软件包包含从微阵列或RNA-seq实验中可视化基因表达谱的方法，并提供了一种有监督的聚类方法来识别包含表达水平最好地分类两个或多个预定义样本组的基因的GO术语。如果用户没有提供，可以通过biomaRt包从Ensembl获得表达数据集中存在的基因的注释。使用默认随机森林框架来评估每个基因根据感兴趣的因子聚类样本的能力。最后，GO项通过平均它们各自基因集的秩(或者，分数)来对样本进行聚类。可以计算p值来评估GO术语排序的显著性。可视化功能包括基因表达谱，基于基因本体的热图，以及利用基因表达数据对实验样本进行分层聚类。

作者:Kevin Rue-Albrecht [aut, cre]， Tharvesh M.L. Ali [ctb]， Paul A. McGettigan [ctb]， Belinda Hernandez [ctb]， David A. Magee [ctb]， Nicolas C. Nalpas [ctb]， Andrew Parnell [ctb]， Stephen V. Gordon [ths]， David E. MacHugh [ths]

维护者:Kevin Rue-Albrecht

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("GOexpress")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GOexpress”)

PDF	R脚本	UsersGuide
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，聚类，DataRepresentation，DifferentialExpression，去，GeneExpression，GeneSetEnrichment，ImmunoOncology，微阵列，MultipleComparison，通路，RNASeq，测序，软件，TimeCourse，转录，可视化
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(5.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R(>= 3.4)，网格，统计，图形，Biobase(> = 2.22.0)
进口	biomaRt(> = 2.18.0),stringr(> = 0.6.2),ggplot2(> = 0.9.0),RColorBrewer(> = 1.0),gplots(> = 2.13.0),randomForest(> = 4.6),RCurl(> = 1.95)
链接
建议	BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kevinrue/GOexpress
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	GOexpress_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	GOexpress_1.20.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	GOexpress_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GOexpress
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GOexpress
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GOexpress/
软件包下载报告	下载数据