GenomicFeatures

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomicFeatures。

方便地导入和查询基因模型

Bioconductor版本:3.10

一组工具和方法制造和操作记录为中心的注释。用这些工具,用户可以很容易地下载成绩单的基因组的位置,外显子和cd的给定的有机体,从UCSC基因组浏览器或BioMart数据库(在未来将支持更多的来源)。然后这些信息存储在一个本地数据库,跟踪记录之间的关系,外显子、cd和基因。提供灵活的方法提取所需的功能在一个方便的格式。

作者:m·卡尔森h .页面,p . Aboyoun猎鹰,m·摩根,d . Sarkar m·劳伦斯诉Obenchain

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

从内部引用(R,回车引用(“GenomicFeatures”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GenomicFeatures”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GenomicFeatures”)

PDF	R脚本	制造和利用TxDb对象
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,遗传学,GenomeAnnotation,基础设施,测序,软件
版本	1.38.2
Bioconductor自	BioC 2.5 (r - 2.10)(10.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics(> = 0.1.0),S4Vectors(> = 0.17.29),IRanges(> = 2.13.23),GenomeInfoDb(> = 1.15.4),GenomicRanges(> = 1.31.17),AnnotationDbi(> = 1.41.4)
进口	方法、跑龙套、统计数据、工具DBI,RSQLite(> = 2.0),RCurl,XVector(> = 0.19.7),Biostrings(> = 2.47.6),rtracklayer(> = 1.39.7),biomaRt(> = 2.17.1),Biobase(> = 2.15.1)
链接
建议	RMariaDB,org.Mm.eg.db,org.Hs.eg.db,BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.3.17),BSgenome.Celegans.UCSC.ce2,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.3.17),mirbase.db,FDb.UCSC.tRNAs,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene(> = 2.7.1),TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene(> = 3.4.7),TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscripts,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene(> = 3.4.6),SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38,Rsamtools,pasillaBamSubset(> = 0.0.5),GenomicAlignments(> = 1.15.7),ensembldb,RUnit,BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	cpvSNP,ensembldb,FDb.FANTOM4.promoters.hg19,FDb.InfiniumMethylation.hg18,FDb.InfiniumMethylation.hg19,FDb.UCSC.snp135common.hg19,FDb.UCSC.snp137common.hg19,FDb.UCSC.tRNAs,generegulation,GSReg,吉他,HelloRanges,Homo.sapiens,ima,InPAS,iva,Mus.musculus,mygene,OrganismDbi,先驱者,RareVariantVis,Rattus.norvegicus,RNAprobR,SplicingGraphs,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart25,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart28,TxDb.Btaurus.UCSC.bosTau8.refGene,TxDb.Btaurus.UCSC.bosTau9.refGene,TxDb.Celegans.UCSC.ce11.ensGene,TxDb.Celegans.UCSC.ce11.refGene,TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene,TxDb.Cfamiliaris.UCSC.canFam3.refGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene,TxDb.Drerio.UCSC.danRer10.refGene,TxDb.Drerio.UCSC.danRer11.refGene,TxDb.Ggallus.UCSC.galGal4.refGene,TxDb.Ggallus.UCSC.galGal5.refGene,TxDb.Ggallus.UCSC.galGal6.refGene,TxDb.Hsapiens.BioMart.igis,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscripts,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,