GenomicRanges

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicRanges

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见GenomicRanges．

基因组间隔的表示和操作

Bioconductor版本:3.10

在分析高通量测序数据(又称NGS数据)时，高效表示和操作基因组注释和对齐的能力发挥着核心作用。genomic icranges包定义了通用容器，用于存储和操作基因组间隔和基因组沿线定义的变量。更专门的容器分别定义在genomic icalignments和summarizeexperiment包中，用于表示和操作针对参考基因组的短对齐，或类似矩阵的实验摘要。这两个软件包都建立在基因组基因库基础设施之上。

作者:P.阿卜扬，H. Pagès, M.劳伦斯

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" genome icranges ")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“GenomicRanges”)

超文本标记语言	R脚本	1.基因组系列软件包简介
PDF	R脚本	2.GenomicRanges howto
PDF	R脚本	3.GRanges和GRangesList对象的快速介绍(幻灯片)
PDF	R脚本	4.你不知道的十件事(幻灯片来自2016年BioC)
PDF	R脚本	5.延长GenomicRanges
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，报道，遗传学，GenomeAnnotation，基础设施，测序，软件
版本	1.38.0
Bioconductor自	BioC 2.6 (R-2.11)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10)，方法，stats4，BiocGenerics(> = 0.25.3),S4Vectors(> = 0.23.19),IRanges(> = 2.19.9),GenomeInfoDb(> = 1.15.2)
进口	跑龙套,统计数据,XVector(> = 0.19.8)
链接	S4Vectors，IRanges
建议	矩阵，Biobase，AnnotationDbi，注释，Biostrings(> = 2.25.3),SummarizedExperiment(> = 0.1.5),Rsamtools(> = 1.13.53),GenomicAlignments，rtracklayer，BSgenome，GenomicFeatures，Gviz，VariantAnnotation，AnnotationHub，DESeq2，DEXSeq，刨边机，KEGGgraph，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，pasillaBamSubset，KEGG.db，hgu95av2.db，hgu95av2probe，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，RUnit，消化，knitr，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	AllelicImbalance，AneuFinder，annmap，AnnotationHubData，BaalChIP，Basic4Cseq，BasicSTARRseq，baySeq，biomvRCNS，BiSeq，bnbc，BPRMeth，breakpointR，BSgenome，bsseq，BubbleTree，bumphunter，咖啡馆，CAGEfightR，卡斯珀，ChAMPdata，负责，嵌合体，chimeraviz，ChIPanalyser，ChIPComp，ChIPpeakAnno，ChIPQC，chipseq，chroGPS，chromPlot，chromstaR，chromswitch，CINdex，cn.mops，cnvGSA，CNVPanelizer，CNVRanger，可可，compEpiTools，consensusSeekeR，CSAR，csaw，deepSNV，DEScan2，DESeq2，DEXSeq，DiffBind，diffHic，DMCFB，DMCHMM，DMRcaller，DMRforPairs，DNAshapeR，EatonEtAlChIPseq，EnrichedHeatmap，ensembldb，ensemblVEP，epigenomix，epihet，esATAC，EuPathDB，ExCluster，exomeCopy，fastseg，fCCAC，FourCSeq，FunChIP，GeneBreak，geneRxCluster，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomicFiles，GenomicOZone，GenomicScores，GenomicTuples，genoset，geuvStore2，gmapR，GMRP，哥特，GreyListChIP，groHMM，gtrellis，GUIDEseq，吉他，Gviz，HelloRanges，hiAnnotator，HiTC，IdeoViz，igvR，InPAS，InTAD，intansv，InteractionSet，感兴趣，IWTomics，karyoploteR，liftOver，微波激射器，工商管理硕士，梅丽莎，metagene，metagene2，methimpute，methyAnalysis，methylKit，methylPipe，minfi，MotIV，msgbsR，MutationalPatterns，NADfinder，OmicCircos，ORFik，PGA，平，plyranges，podkat，QuasR，r3Cseq，RaggedExperiment，Rariant，Rcade，收回，地区，RepViz，rfPred，rGREAT，riboSeqR，RIPSeeker，RJMCMCNucleosomes，RNAmodR，RnBeads，RnBeads.hg19，RnBeads.hg38，RnBeads.mm10，RnBeads.mm9，RnBeads.rn5，Rsamtools，RSVSim，rtracklayer，Scale4C，segmentSeq，seqbias，seqCAT，测序，SGSeq，SICtools，SigFuge，击杀，SNPhood，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，SomaticSignatures，StructuralVariantAnnotation，SummarizedExperiment，TarSeqQC，三硝基甲苯，trackViewer，TransView，tra利用，tRNA，tRNAdbImport，tRNAscanImport，VanillaICE，VariantAnnotation，VariantExperiment，VariantTools，vtpnet，火神，wavClusteR，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，YAPSA
进口我	王牌，ALDEx2，高山，阿尔卑斯山脉，amplican，AnnotationFilter，annotatr，APAlyzer，apeglm，appreci8R，ArrayExpressHTS，ASpediaFI，ASpli，AssessORF，ATACseqQC，BadRegionFinder，舞会礼服，bamsignals，BBCAnalyzer，beadarray，击败，BiFET，BiocOncoTK，BioTIP，biovizBase，biscuiteer，BiSeq，brainflowprobes，分歧点，BSgenome，BUSpaRse，篮球选手，CexoR，cgdv17，冠军，别致的，chipenrich，chipenrich.data，ChIPexoQual，ChIPseeker，chipseq，ChIPseqR，ChIPSeqSpike，chromDraw，ChromHeatMap，chromVAR，西塞罗，circRNAprofiler，cleanUpdTSeq，cn，CNVfilteR，彗星，compartmap，contiBAIT，conumee，copynumber，CopyNumberPlots，文案，COSMIC.67，CoverageView，crisprseekplus，CrispRVariants，customProDB，DChIPRep，debrowser，decompTumor2Sig，位深蓝，反编排，deltaCaptureC，derfinder，derfinderPlot，DEWSeq，diffloop，DMRcate，DMRScan，dmrseq，DominoEffect，DRIMSeq，easyRNASeq，EDASeq，埃尔默，ELMER.data，ENCODExplorer，enrichTF，epivizr，epivizrData，erma，EventPointer，fcScan，fitCons.UCSC.hg19，啪嗒啪嗒地响，FourCSeq，FunciSNP，GA4GHclient，gcapc，genbankr，geneAttribution，GeneGeneInteR，《创世纪》，GeneStructureTools，GenoGAM，genomation，genomeIntervals，GenomicAlignments，GenomicDataCommons，GenomicInteractions，genotypeeval，GenVisR，GGBase，ggbio，GGtools，GOfuncR，gpart软件，gQTLBase，gQTLstats，gwascat，h5vc，的热图，HiCBricks，HiCcompare，HilbertCurve，希尔达，hiReadsProcessor，HTSeqGenie，icetea，理想的，idr2d，ima，检查，InterMineR，ipdDb，IsoformSwitchAnalyzeR，isomiRs，iteremoval，iva，JunctionSeq，karyoploteR，leeBamViews，loci2path，萝拉，LoomExperiment，光民，M3D，MACPET，MADSEQ，MafDb.1Kgenomes.phase1.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.GRCh38，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5，MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38，MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5，MafDb.gnomAD.r3.0.GRCh38，MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38，MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5，MafDb.TOPMed.freeze5.hg19，MafDb.TOPMed.freeze5.hg38，mCSEA，联合化疗，餐，MEDIPS，MetaNeighbor，MethCP，methInheritSim，methyAnalysis，methylCC，methylInheritance，MethylSeekR，methylumi，MinimumDistance，米拉，MMAPPR2，MMDiff2，Modstrings，马赛克，motifbreakR，motifmatchr，MTseeker，MTseekerData，MultiAssayExperiment，MultiDataSet，multiHiCcompare，NarrowPeaks，normr，诊断，oligoClasses，OmaDB，openPrimeR，Organism.dplyr，OrganismDbi，先驱者，panelcn.mops，过去的，Pbase，pcaExplorer，pepDat，pepStat，phastCons100way.UCSC.hg19，phastCons100way.UCSC.hg38，phastCons7way.UCSC.hg38，π，图片，pqsfinder，婴儿车，prebs，PrecisionTrialDrawer，primirTSS，proBAMr，profileplyr，PureCN，Pviz，pwOmics，QDNAseq，qpgraph，qPLEXanalyzer，qsea，Qtlizer，R3CPET，R453Plus1Toolbox，RareVariantVis，美国广播公司，rCGH，重新计票，recountWorkflow，地区，regionReport，REMP，Repitools，rGADEM，RGMQL，Rhisat2，RiboProfiling，Rmmquant，RNAmodR。AlkAnilineSeq，RNAmodR。毫升，RNAmodR。RiboMethSeq，RNAprobR，rnaSeqMap，咆哮，RTCGAToolbox，scmeth，scoreInvHap，scPipe，颈背，seq2pathway，SeqArray，seqPattern，seqplots，seqsetvis，SeqSQC，SeqVarTools，芝麻，sevenC，ShortRead，签名者，SigsPack，simulatorZ，SNPchip，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP150.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38，soGGi，SomaticCancerAlterations，SparseSignatures，SpectralTAD，SplicingGraphs，分裂，srnadiff，斯坦，strandCheckR，systemPipeR，目标，TCGAbiolinks，TCGAutils，TCGAWorkflow，TCseq，TFARM，TFBSTools，TFEA。芯片，TFHAZ，TitanCNA，tracktables，transcriptR，石棉水泥板，trena，三层，TSRchitect，TVTB，tximeta，TxRegInfra，Ularcirc，Uniquorn，VariantFiltering，VariantToolsData，VCFArray，waveTiling，wiggleplotr，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，yriMulti
建议我	alternativeSplicingEvents.hg19，alternativeSplicingEvents.hg38，AnnotationHub，BeadArrayUseCases，biobroom，BiocGenerics，BiocParallel，CAGEWorkflow，芝加哥，ComplexHeatmap，腰带，epivizrChart，GenomeInfoDb，GenomicState，GeuvadisTranscriptExpr，Glimma，GSReg，GWASTools，HDF5Array，interactiveDisplay，IRanges，metaseqR，methrix，海市蜃楼，纳米管，NarrowPeaks，omicsPrint，奥纳西斯，parglms，RNAmodR。数据，RTCGA，S4Vectors，SeqGSEA，sesameData，Single.mTEC.Transcriptomes，TFutils
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GenomicRanges_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicRanges_1.38.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	GenomicRanges_1.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicRanges
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicRanges
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicRanges/
包下载报告	下载数据