Globalancova

doi:10.18129/b9.bioc.globalancova

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅Globalancova

通过模型比较对变量组的全局测试

生物导体版本:3.10

感兴趣的变量(例如两组)与一组变量(例如基因集)的全局模式之间的关联通过全局f检验进行了测试。我们给出以下论点以支持Globalancova方法:经过适当的归一化,基因表达数据似乎相当对称,离群值并不是真正的问题,因此最小二乘应该相当强大。具有相互作用的ANCOVA产生饱和的数据建模,例如每个组和基因不同。协变量调整可以帮助纠正可能的选择偏差。差异同质性和不相关的残差无法预期。普通最小二乘的应用可无偏见,但不再是最佳估计(高斯 - 马科夫 - 艾特肯)。因此,由于相关性,使用经典的F检验是不合适的。然而,测试统计量反映了与零假设的偏差。结合置换方法,可以估算经验意义水平。 Alternatively, an approximation yields asymptotic p-values. The framework is generalized to groups of categorical variables or even mixed data by a likelihood ratio approach. Closed and hierarchical testing procedures are supported. This work was supported by the NGFN grant 01 GR 0459, BMBF, Germany and BMBF grant 01ZX1309B, Germany.

作者:U.Mansmann,R。Meister,M。Hummel,R。Scheufele,S。Knueppel的贡献

维护者:Manuela Hummel

引用(从r内,输入引用(“ Globalancova”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ globalancova”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

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Browsevignettes(“ Globalancova”)

PDF R脚本 Globalancova.pdf
PDF R脚本 globalancovadecomp.pdf
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 差异性,,,,微阵列,,,,Onechannel,,,,途径,,,,回归,,,,软件
版本 4.4.0
在生物导体中 Bioc 1.7(R-2.2)(14。5年)
执照 GPL(> = 2)
要看 方法,公司,,,,全球测试
进口 注释,,,,AnnotationDbi,,,,生物酶,,,,Dendextend,,,,gseabase,,,,VGAM
链接
建议 go.db,,,,kegg.db,,,,golubeset,,,,Hu6800.db,,,,VSN,,,,rgraphviz
系统要求
增强
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构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 globalancova_4.4.0.tar.gz
Windows二进制 globalancova_4.4.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) globalancova_4.4.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/globalancova
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/globalancova
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/globalancova/
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