HTSANALYZER

doi：10.18129/b9.bioc.htsanalyzer

这个包是弃用。它可能会从生物导体中取出。请参考包装终止指南了解更多信息。

此软件包适用于生物导体的3.10版。该软件包已从生物导体中删除。有关最后一个稳定的最新版本版本，请参阅HTSANALYZER。

基因设置过分代表，高通量屏幕的富集和网络分析

生物导体版本：3.10

该软件包提供了基因设置过度占代表性，丰富和网络分析的类和方法。过度代表分析是基于高几何测试进行的。富集分析基于GSEA算法（Subramanian等人PNAS 2005）。网络分析根据Bionet软件包中的算法确定了富集的子网（Beisser等人，Bioinformatics 2010）。还专门为CellHTS2对象设计了管道，以执行高通量RNA干扰屏幕的集成网络分析。用户可以根据此软件包为自己的数据集构建自己的分析管道。

作者：Xin Wang ，Camille terfve ，John C. Rose ，florian Markowetz

维护者：Xin Wang

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ htsanalyzer”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ HTSANALYZER”）

PDF	R脚本	主要小插图：使用HTSANALYZER的高通量RNAi屏幕数据的基因集富集和网络分析
PDF		参考手册

细节

生物浏览	蜂窝基，，，，免疫学，，，，多重组合，，，，软件
版本	2.38.0
在生物导体中	Bioc 2.7（R-2.12）（9。5年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 2.15），Igraph， 方法
进口	图形，，，，Igraph，，，，gseabase，，，，Bionet，，，，CellHTS2，，，，AnnotationDbi，，，，Biomart，，，，rankprod
链接
建议	kegg.db，，，，go.db，，，，org.dm.eg.db，，，，gostats，，，，org.ce.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，org.rn.eg.db，，，，org.hs.eg.db，，，，雪
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我	Mulder2012，，，，表
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	htsanalyzer_2.38.0.tar.gz
Windows二进制	htsanalyzer_2.38.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	htsanalyzer_2.38.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/htsanalyzer
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/htsanalyzer
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/htsanalyzer/
软件包下载报告	下载统计