IgGeneUsage

DOI:10.18129 / B9.bioc.IgGeneUsage

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见IgGeneUsage．

不同基因在免疫系统中的应用

Bioconductor版本:3.10

解码免疫组的特性是理解适应性免疫对病毒感染等挑战的反应的关键。免疫谱分析的一个重要任务是检测不同生物条件下Ig基因使用的偏差。IgGeneUsage是一种用于分析免疫组差异基因使用的计算工具。它采用贝叶斯层次模型来拟合来自免疫库测序实验的复杂基因使用数据，并将Ig基因使用偏差量化为概率。

作者:Simo Kitanovski [aut, cre]

维护者:Simo Kitanovski < Simo。基塔诺夫斯基在uni-due.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("IgGeneUsage")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“IgGeneUsage”)

超文本标记语言	R脚本	用户手册:IgGeneUsage
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯，DifferentialExpression，遗传学，回归，软件
版本	1.0.1
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(< 6个月)
许可证	文件许可证
取决于	， R (>= 3.6.0)，Rcpp(> = 0.12.0),SummarizedExperiment，StanHeaders(> 2.18.1)
进口	rstan(> = 2.19.2),reshape2(> = 3)
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat(> =魅惑,ggplot2，ggforce，gridExtra，ggrepel
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/snaketron/IgGeneUsage/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	IgGeneUsage_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	IgGeneUsage_1.0.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	IgGeneUsage_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IgGeneUsage
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/IgGeneUsage
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/IgGeneUsage/
软件包下载报告	下载数据