Knowseq

doi：10.18129/b9.bioc.Knowseq

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅Knowseq。

R软件包通过使用RNA-Seq RAW文件提取知识

生物导体版本：3.10

Knowseq提出了一条整个管道，该管道包括RNA-Seq基因表达分析中最相关的步骤，其主要目标是从原始数据（差异表达基因，基因本体学富集，途径可视化和相关疾病）中提取生物学知识。从这个意义上讲，KnowSEQ允许使用最著名的对准器（例如TopHat2，Hisat2，Salmon和Kallisto）来对齐原始FASTQ或SRA文件中的原始数据。如今，没有包含从示例的信息到包含在文本文件中的对齐的软件包，它会自动执行所有样本的下载和对齐。此外，该软件包包括以下功能：计算基因表达值；删除批处理效果；计算差异表达的基因（DEGS）；绘制不同的图；并使用GO信息，途径可视化和相关疾病信息检索执行DEG富集。此外，KnowSeq是唯一允许在DEG提取后同时应用机器学习和DEG富集过程的软件包。这个想法出现了，目的是向研究社区提出完整的工具，其中包含所有必要的步骤，以简单而快速的方式进行完整的研究。

作者：Daniel Castillo-Secilla，Juan Manuel Galvez，Francisco Manuel Ortuno，Luis Javier Herrera和Ignacio Rojas。

维护者：Daniel Castillo secilla

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ knowseq”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ knowseq”）

PDF	R脚本	KnowSeq用户指南
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	结盟，，，，批处理效应，，，，分类，，，，DataImport，，，，差异性，，，，特征提取，，，，去，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，GraphandNetwork，，，，代谢组学，，，，微阵列，，，，多重组合，，，，正常化，，，，途径，，，，预处理，，，，蛋白质组学，，，，QualityControl，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，系统生物学，，，，转录组学
版本	1.0.0
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（<6个月）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 3.6.0），Quantreg，，，，mclust，，，，topgo（> = 2.34.0）
进口	Stringr，，，，事实，，，，克恩拉布，，，，GGPLOT2，，，，RESHAPE2，，，，GPLOTS，，，，商在，，，，rcurl，，，，XML，，，，班级，，，，Praznik，，，，r.utils，，，，E1071，，，，Randomforest，，，，httr，，，，jsonlite，，，，SVA（> = 3.30.1），CQN（> = 1.28.1），EDGER（> = 3.24.3），Biomart（> = 2.38.0），林玛（> = 3.38.3），ArrayQualityMetrics（> = 3.38.0），tximport（> = 1.10.1），tximportdata（> = 1.10.0），RHDF5（> = 2.26.2），生物酶，，，，多检验，，，，PathView（> = 1.22.3），grdevices，图形，统计，utils
链接
建议	尼特
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	knowseq_1.0.0.0.tar.gz
Windows二进制	knowseq_1.0.0.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	knowseq_1.0.0.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/knowseq
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/knowseq
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/knowseq/
软件包下载报告	下载统计