MAGeCKFlute

DOI:10.18129 / B9.bioc.MAGeCKFlute

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见MAGeCKFlute．

集成的CRISPR功能基因筛选分析管道

Bioconductor版本:3.10

结合核酸酶Cas9 (CRISPR/Cas9)筛选技术的CRISPR(聚类规则间隔短回文重复序列)是一种很有前途的系统评估基因功能的技术。CRISPR/Cas9屏幕的数据分析是一个关键的过程，包括识别屏幕命中，并在下游分析中探索这些命中的生物功能。我们之前开发了两种算法，MAGeCK和MAGeCK- vispr，用于分析不同场景下的CRISPR/Cas9屏幕数据。这两种算法允许用户进行质量控制、读取计数生成和归一化，并计算beta评分来评估基因选择性能。在下游分析中，需要通过生物功能分析来了解这些筛选目的不同的基因的生物学功能。在这里，我们开发了MAGeCKFlute来支持下游分析。MAGeCKFlute提供了几种策略来消除sgrna级读取计数和基因级beta评分中的潜在偏差。下游分析包括识别必需基因、非必需基因和靶相关基因，并对这些基因进行生物功能分类分析、途径富集分析和蛋白复合体富集分析。该软件包还以多种方式可视化基因，方便用户探索筛选数据。总的来说，MAGeCKFlute能够精确识别必需的、非必需的和靶向的基因，以及它们相关的生物学功能。 This vignette explains the use of the package and demonstrates typical workflows.

作者:王彬彬，张武兵，吴菲镇，李伟，x.x . Shirley Liu

维护:Wubing Zhang

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MAGeCKFlute")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“MAGeCKFlute”)

超文本标记语言	R脚本	MAGeCKFlute。限制型心肌病
超文本标记语言	R脚本	MAGeCKFlute_enrichment。限制型心肌病
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，CRISPR，FunctionalGenomics，GeneSetEnrichment，GeneTarget，KEGG，归一化，通路，PooledScreens，质量控制，软件，可视化
版本	1.6.5
Bioconductor自	BioC 3.7 (R-3.5)(2年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.5)
进口	clusterProfiler，剂量，enrichplot，gridExtra，biomaRt，股东价值分析，ggsci，ggplot2，ggrepel，ggpubr，data.table，pheatmap，png， grDevices，网格，统计，效用，dendextend，尺度，Biobase，msigdbr，KEGGgraph，KEGGREST，图、图形、pathview，XML
链接
建议	knitr，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	SpidermiR
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	MAGeCKFlute_1.6.5.tar.gz
Windows二进制	MAGeCKFlute_1.6.5.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	MAGeCKFlute_1.6.5.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MAGeCKFlute
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MAGeCKFlute
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MAGeCKFlute/
包下载报告	下载数据